BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri

Meme/over kanseri dünyada en sık rastlanan kanser türleri arasında yer almaktadır. Toplum genelinde, kadınların yaklaşık %12 kadarının meme kanserine yakalanacağı öngörülmektedir. Meme ve/veya over kanserine kalıtsal yatkınlık ile ilgili olduğu bulunan pek çok gen tespit edilmiştir. Bu genler arasında yer alan BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki mutasyonların, meme/over kanseri geliştirme riskini %50-85 kadar arttırdığı bildirilmiştir.

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

 

MEME KANSERİ

Kadınlarda teşhis edilen kanserlerin %25’ini meme kanseri vakaları oluşturur. Tüm meme kanserlerinin %5-10’unun kalıtımsal olduğu ve BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki mutasyonların da meme kanseri riskini en çok arttıran mutasyonlar olduğu gösterilmiştir. BRCA genlerindeki mutasyonlar, sadece hastanın genetik yatkınlığının göstergesidir. Yaşam tarzının ve çevresel etkenlerin de önemli bir rolü olduğu unutulmamalıdır. Dolayısıyla, BRCA1 ve BRCA2 mutasyonu tespit edilmiş bir kişide, meme veya over kanserinin ya da başka bir kanser türünün mutlaka ortaya çıkacağını ifade etmek hatalı bir yaklaşım olacaktır. Buna karşılık, mutasyon taşımayan bir kişide sporadik olarak meme kanseri gelişebilir.

BRCA1 ve BRCA2 GENLERİNİN ROLÜ

DNA hasarını tamir etmekle görevli olan BRCA1 ve BRCA2 genleri, tümör baskılayıcı genlerdir. Mutasyona uğradıklarında işlevlerini kaybederler ve doğal fonksiyonlarının tam aksi yönünde kanser oluşumuna sebep olan bir faktör haline gelirler. BRCA1 ve BRCA2 genlerinde, toplam 2600’den fazla mutasyon tanımlanmıştır. Bu mutasyonlar otozomal dominant şekilde kalıtılırlar ve yüksek derecede penetrans gösterirler. BRCA1 ve BRCA2 mutasyonu taşıyıcılarının toplumlardaki genel sıklığı yaklaşık 1/500 – 1/1000’dir.

BRCA1 veya BRCA2 geninde kalıtımsal bir mutasyon taşımak, meme, over ve bazı diğer kanserlerin oluşma riskini, hem kadınlarda hem de erkeklerde önemli derecede arttırmaktadır. (Tablo 1)

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

HANGİ VAKALAR İÇİN GENETİK TEST DÜŞÜNÜLMELİDİR?

Eğer hastanın kendisinin veya ailesinin hikayesi aşağıdaki bulgulardan herhangi birini içeriyor ise genetik test düşünülür:

•50 yaşından erken meme kanseri

•Herhangi bir yaştaki over kanseri

•Çok odaklı meme kanseri

•Erkekte meme kanseri

•Triple negatif (östrojen reseptörü negatif, progesteron reseptörü negatif, HER2/Neu negatif) meme kanseri

•Aynı bireyde veya ailenin aynı tarafında pankreas kanseri ile birlikte meme veya over kanseri

•Birisi 50 yaşından genç olmak üzere 2 veya daha fazla akrabada meme kanseri

•Herhangi yaştaki 3 veya daha fazla akrabada meme kanseri

•Ailede daha önceden tanımlanmış mutasyon

Detaylı ve hatasız bir aile hikayesinin çıkarılması, kişinin katılımsal meme veya over kanseri riskinin belirlenmesinde çok büyük önem taşır. Kanseri erken teşhis edebilmek için atılacak her adımla, hastanın önleyici tedbirlere ve proaktif tedavilere ulaşması sağlanmış olacaktır. Sonuç olarak hastalığın daha iyi prognoz göstermesini sağlamak mümkün olacaktır.

(Risk kriterlerini açıklayan daha detaylı bilgiye “NCCN Clinical Practice Guidelines For Breast Cancer” ve benzeri kaynaklardan ulaşılabilir.)

1. Kalıtımsal meme/over kanseri için orta derece risk taşıyan vaka örneği:

 

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

Ailenin aynı tarafında, 70 yaşından erken kansere yakalanmış, iki tane 1. ve 2. dereceden akraba bulunmaktadır.

2. Katılımsal meme/over kanseri için yüksek derece risk taşıyan vaka örneği:

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

 

 

Ailede 1. ve 2. Dereceden bilateral meme kanseri olan (biri 50 yaşından önce) ve over kanseri olan akrabalar bulunmaktadır.

BRCA1 ve BRCA2 GENETİK ANALİZLERİ

1) BRCA1 ve BRCA2 Tüm Gen Dizilemesi

Aile hikayesinin ve/veya klinik tablonun katılımsal meme/over kanseri riskini işaret ettiği vakalarda, BRCA1 ve BRCA2 genlerinde Tüm Gen Dizilemesi yapılmaktadır. Yapılan dizi analizi sonucunda bir mutasyon tespit edilmesi halinde, hastanın ailesindeki diğer bireylere de bu ailesel mutasyon için test yapılması önerilir.

2) BRCA1 ve BRCA2 Delesyon/Duplikasyon Testi

Bazı durumlarda mutasyonlar, az sayıdaki DNA bazlarında değil, genin bir bölgesinin tamamının delesyonu veya duplikasyonu şeklinde ortaya çıkabilir. Bu tip büyük delesyon/duplikasyon mutasyonlarının BRCA1 ve BRCA2 genlerinde oldukça sıklıkla meydana geldiği görülmüştür. Ancak bu tür mutasyonlar, Tüm Gen Dizilemesi ile net olarak tespit edilemez. Bu mutasyonların analizi için MLPA yöntemi ile Delesyon/Duplikasyon Testi yapılması gerekir.

3) Meme/Over Kanseri ile İlişkili Diğer Genlerin İncelenmesi

BRCA 1 ve BRCA 2 dışında meme ve/veya over kanseri geliştirme riski ile bağlantılı oldukları saptanan başka genlerinde sayısı giderek artmaktadır. Diğer genlerdeki kalıtımsal mutasyonlar sadece meme ve /veya over kanserlerinin değil, aynı zamanda melanoma, kolon, pankreas ve prostat gibi başka kanserlerin riskinide arttırmaktadır. BRCA1 ve BRCA2 genlerinde yapılan testlerde mutasyon bulunmayan, fakat meme ve/veya over kanseri açısından kuvvetli bir aile hikayesine sahip olan kadınlar için Yeni Nesil Dizileme (Next Generation Sequencing – NGS) yöntemiyle yapılan paneller önerilebilir. Bu panellerde, meme ve/veya over kanseri ile ilgisi bulunmuş diğer yatkınlık genleri taranmaktadır. NGS yöntemi ile yapılan bu geniş kapsamlı dizilemeler sonucunda eğer mutasyon tespit edilirse, elde edilen bulguların Sanger Dizileme Yöntemi ile doğrulanması tavsiye edilir.

 

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Bağırsak Mikrobiyom Analizlerinde Moleküler Genetik Yöntemler

“İnsan Mikrobiyom Projesi” (Human Microbiome Project) ile insan sağlığında çok önemli bir rolü olan mikrobiyal flora detaylı olarak incelenmiş ve karakterize edilmiştir. Günümüzde artık geleneksel dışkı testlerini gelişmiş moleküler genetik yöntemlerle tamamlamak ve bu sayede bağırsak mikrobiyotasının ileri analizini yapmak mümkün olabilmektedir.

Son yıllarda geliştirilen dizileme teknolojileri ile okyanuslar, atık sular, insan vücudu vb. ortamlardaki mikrobiyolojik toplulukları kapsamlı bir şekilde araştırmak mümkün olmuştur. Dünya üzerinde yaklaşık 1030 mikrobiyal hücre topluluğu olduğu tahmin edilmektedir. İnsan vücudunda ise yaklaşık 100 trilyon mikroorganizma konaklamaktadır (1). Çoğunluğunu bakterilerin oluşturduğu mantar, virüs ve protozoaları içeren bu populasyon insan hücrelerinden 1O kat fazla mikrobiyal hücre ve insan genomundan 150 kat fazla gen içerir. Bedenimizi paylaşan kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların oluşturduğu bu ekolojik topluluğa “mikrobiyota” denmektedir. “Mikrobiyom” ise bu çevrede yaşayan mikroorganizmaların toplam genomu olarak tanımlanmaktadır (2).

Bakterilerin fonksiyonları ve karakteristik özellikleri genomlarında kodlanmıştır. Günümüzde geleneksel dışkı testlerini, gelişmiş moleküler genetik analizlerle tamamlayarak, bağırsak mikrobiyotasındaki çok sayıda aerop ve anaerop bakterinin özelliklerini ve metabolik ilişkili gruplarını tanımlamak mümkün olabilmektedir (3).

“İnsan Genom Projesi”nin (Human Genome Project) devamı olan “İnsan Mikrobiyom Projesi” (Human Microbiome Project) çalışması 2007 yılında başlatılmıştır. Bu proje ile hem sağlıklı hem de hasta insanların mikrofloralarındaki mikroorganizmaların tespit edilmesi ve özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 2008 yılında insan mikrobiyomu tanımlanmış, dökümente edilmiş ve moleküler seviyede referans veritabanı oluşturulmuştur (4).

İnsan mikrobiyotası deri, genitoüriner sistem, solunum sistemi ve en çok da gastrointestinal sistemde kolonize olmuştur. Gastrointestinal sistem yaklaşık 200m² yüzey alanı ve mikroorganizmalar için zengin besin öğeleri içermesi sebebi ile vücudumuzdaki en zengin mikroorganizma topluluğunu barındırmaktadır. Mikrobiyom analizleri bağırsak florası birleşiminin sekans karşılaştırmalarının yapılmasını sağlamış, sağlıklı kişilerde olması gereken bakteri türleri belirlenmiştir (5).

E.coli, Enterococcus, Bifidobacterium ve Lactobacilli türleri bağırsak mikrobiyotasının önemli bir kısmını kapsamakta ve rutin kültür yöntemleriyle tanımlanabilmektedir. Ancak mikrobiyotada var olduğunu bildiğimiz geniş bir anaerop bakteri grubunu kültürle saptamak, oldukça zahmetli yöntemler gerektirmekte, çoğu zaman mümkün olmamaktadır. Faecalibacterium prausnitzii, Akkermansia muciniphila gibi anaerop bakteriler, konvansiyonel yöntemlerle saptanamadığı halde mikrobiyotanın en geniş populasyonunu oluşturan ve temel metabolik yeteneklerden sorumlu olan türlerdir.

Moleküler-genetik bir teknik olan DNA dizileme yöntemi ile klinik örneklerdeki bakteri genomları saptanabilir. Proses boyunca, özellikle bakterilerden gelen sinyaller kaydedilir. Elimizdeki örnekte kaç farklı bakteri genomu olduğu ise 16S rRNA sekanslamayla gösterilir. Böylece bakteriyel biyoçeşitlilik analiz edilir (3). Resim 2. de test prosedürü görülmektedir.

 

 

Resim 2 . (Keller ve ark. ) Mikrobiyom analizinde 16S rRNA dizileme yöntemi. (Dışkı örneklerinden mikrobiyom DNA’sı izole edilir ve PCR ile çoğaltılır. Daha sonra, DNA dizileme işlemi gerçekleştirilir. Elde edilen çok sayıda veri özelleşmiş bilgisayar programları aracılığıyla değerlendirilir. Gen dizilemeleri referans genomlarla karşılaştırılarak  bakteriler  doğru  olarak tanımlanır.)

“İnsan Mikrobiyom Projesi’ veri tabanına  dayanarak yapılan gastrointestinal mikrobiyom analizi 250 parametre içermektedir. Tüm doğrulanabilir türler ve  jenerik grupların sonuçları dikkate alınarak bakteri çeşitliliği belirlenir. Bakteri çeşitliliğinin çokluğu sağlıklı kişilerde endojen enfeksiyonlara karşı koruyucu kabul edilir. Ancak genellikle tekrarlayan antibiyotik kullanımı sonrası ya da çeşitli hastalıklara bağlı olarak bu çeşitlilik azalır. Bu tür durumlarda patojen bakteri, virüs, mantar gibi fırsatçı organizmalar kolayca çoğalabilir (4).

ENTEROTİP KLASİFİKASYONU

İntestinal mikrobiyom analizleri  sonucunda  insan bağırsak florasında yerleşik 3 ana enterotip belirlenmiştir. Enterotipler beslenme alışkanlıklarına bağlı değişmekle birlikte baskın olarak Bacteriodes, Prevotella ve Ruminococcus türlerinden oluşmaktadır. Tipik metabolik özelliklere göre enterotipin hangi bakteri grubunu içerdiği ayırt edilebilmektedir.

Enterotip 1 Bacteriodes,

Enterotip 2 Prevotella,

Enterotip 3 ise Ruminococcus populasyonlarının baskınlığı ile karakterizedir (6).

BAKTERİ KANTİTASYONU

Kişisel farklılıkları göstermek ve klasik kültür yöntemlerini desteklemek amacıyla kantitatif PCR yöntemi  kullanılır. Bu yöntem spesifik problar aracılığı ile kişilerin intestinal mikrobiyatasındaki bakterileri tür ve miktar olarak saptar. Böylelikle standart data verileri referans alınarak, farklılıkları belirlemek ve teropatik önlemler için bireysel tavsiyelerde bulunmak mümkün olabilir. Mikrobiyom analizinde, filum cinsi bakteriler  olan  Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Akkermansia muciniphila, nadiren Fusobacterium’ ların kompozisyonu dikkate alınır. Bu taksonomik sınıflandırmaya göre tipik klinik paternler tanımlanır. Örneğin Firmicutes/Bacteroidetes oranı artması ya da Proteobacterium’ların dominant olması çeşitli klinik farklılıklar yaratır (7).

Sık rastlanan, önemli türlerin baskınlığına bağlı olarak değişen metabolik özellikler Tablo 1. de tanımlanmıştır.

Dışkıdaki moleküler-genetik analizler intestinal mikrobiyom çeşitliliklerini saptamayı ve probiyotik ve prebiyotik tedavilerinin temellerini belirlemeyi mümkün kılmıştır. Bu yeni yöntemle intestinal mikrofloranın kişilere göre değişiklikleri saptanabilir, kişilerin ihtiyaç duyduğu özelleşmiş terapiler belirlenebilir. Crohn hastalığı, ülseratif kolit gibi intestinal inflamatuar hastalığı olanlara, ya da antibiyotiğe bağlı diare gelişen kişilere başarıyla yardımcı olabilen prebiyotik-probiyotik kombinasyonları geliştirilmiştir (8).

 

Tablo 1 . İntestinal mikrobiyotada sık rastlanan bakteriler ve değişken metabolik özellikler . *Butirik asit üreten bakteriler * *Musin üreten bakteriler

Günümüzde çok gelişmiş olan dizileme yöntemi ile kişisel intestinal mikrobiyota hakkında geniş bir moleküler genetik analiz yapılmakta, ayrıca pankreatik  elastaz,  safra  asitleri,  kalprotektin, alfa 1 antitripsin ve slgA gibi parametreler iredelenmektedir.

Sonuç olarak, kolay ve ekonomik yollarla bağırsak mikrobiyomu tayin edilebilmektedir. Kişisel bağırsak mikrobiyatasının tanımlanması ile birlikte ise kişiye özel tavsiye ve tedavi yaklaşımları mümkün olmaktadır (3, 7).

Kaynaklar:

  1. The Human Microbiome Project Consortium. A framework for human microbiome research. Natur.2012;486(7402):215-21.
  2. Turnbaugh, P.J.; Ley, R.E.; Hamady, M.; Fraser- Liggett, C.M.; Knight, R.; Gordon, J.I. (2007). “The Human Microbiome Project”. Nature 449: 804–810.
  3. Mandal, S. et al.: Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition. In: MEHD 26, S. 27663-27670, 2015
  4. The NIH HMP Working Group et al: The NIH Human Microbiome Project. In: Genome Res. 19, S.2317-2323, 2009.
  5. Bull M.J., Plummer N.T.. Part 1: The Human Gut Microbiome in Health and Disease. In: IntegrativeMedicine: A Clinician’s Journal 13(6), S. 17-22, 2014
  6. Arumugam, M. et al.: Enterotypes of the human gut microbiome. In: Nature 473(7346), S. 174-180,2011
  7. 19. Keller, P.M. et al.: 16S-rRNA-Gen-basierte Identifikation bakterieller Infektionen. BIOspektrum S.755- 759, 2010
  8. 20. Scott, K. P. et al. Manipulating the gut microbiota to maintain health and treat disease. In: Microbial Ecology in Health and Disease, 26, S. 25877-25977, 2015

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Yeni Bir Metabolik Organ: “İntestinal Mikrobiyota”

Doğduğumuz andan itibaren vücudumuzda bize eşlik eden çok sayıda mikroorganizma mevcuttur. İnsan vücudu, çoğunluğunu bakterilerin oluşturduğu mantar, virüs ve protozoaları içeren mikrobiyal populasyon barındırmaktadır. Bakteriler genellikle hastalık yapıcı patojenler olarak bilinmektedir. Oysa ki insanlar bakterilerle simbiyotik bir denge içinde yaşamaktadır. Sağlıklı kalmamız için bakterilere ve onların faydalı etkilerine gereksinimimiz olduğu unutulmamalıdır.

 

İnsan vücudunda çoğunluğunu bakterilerin oluşturduğu mantar, virus ve protozoonları içeren farklı birçok mikrobiyal populasyon konaklamaktadır. Bu populasyon insan hücrelerinden 10 kat fazla mikrobiyal hücre ve insan genomundan 150 kat fazla gen içerir. Bedenimizi paylaşan kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların oluşturduğu bu ekolojik topluluğa “mikrobiyota” denmektedir. “Mikrobiyom” ise bu çevrede yaşayan mikroorganizmaların toplam genomu olarak tanımlanmaktadır. (1)

İnsan mikrobiyotası deri, genitoüriner sistem, solunum sistemi ve en çok da gastrointestinal sistemde kolonize olmuştur. Gastrointestinal sistem yaklaşık 200m² yüzey alanı ve mikroorganizmalar için zengin besin öğeleri içermesi sebebi ile vücudumuzdaki en zengin mikroorganizma topluluğunu barındırmaktadır. Sağlıklı bireylerde mikrobiyota çok sayıda ve çeşitli mikroorganizmaları içerir. Doğumdan hemen sonra oluşmaya başlar. Beslenme, genetik, yaş ve yaşanılan coğrafi bölgeye göre değişiklik gösterir. Bakteri sayısı ağızda 10⁹ ml/tükrük, midede 102-4g/materyal iken, kolonda 10¹¹ g/materyal, dışkıda ise 10¹² g/materyaldir. Bebeklerde doğum şekli, beslenme şekli, genetik faktörler mikrobiyotayı etkiler. Enfeksiyonlar, antibiyotik kullanımı gibi tedavi uygulamaları sonrası bağırsak mikrobiyotası değişebilir (2).

Diyet içeriği intestinal floranın değişiminde önemli rol oynamaktadır. Lifli gıdalardan zengin beslenme, Eubacterium rectale, Eubacterium halli, Rumicoccus bromii gibi Firmicutes cinsi bakterilerin çoğalmasını kolaylaştırmaktadır (Resim 1).

 

 

Resim 1: Beslenmenin intestinal mikrobiyota üzerine etkisi (Flint ve ark .) WK : Buğday içeren gıda BS : Lif içeren gıda EW: Protein içeren gıda

İntestinal mikrobiyota; vücudumuzda fizyolojik, metabolik ve immun sistem üzerinde oldukça kompleks ve aktif görevler üstlenmektedir. Bağırsak bakterileri enerji taşıyıcı rolü üstlenerek veya immun modüle edici maddeleri serbest bırakarak gerekli metabolik süreçleri kontrol eder. Bu nedenle intestinal mikrobiyota günümüzde yeni bir “metabolik organ” olarak tanımlanmaktadır (3).

Kommensal bağırsak bakterileri;

• Sindirilemeyen besinleri parçalayarak vücuda yararlı hale getirir.

• Kompleks karbonhidrat ve liflerin sindirimini destekler.

• Patojenik bakterilerin çoğalmasını engeller.

• B1, B2, B6, B12 ve K vitaminlerinin üretimine katkıda bulunur.

• Toksin ve atıkların detoksifikasyonuna katkıda bulunur.

• Gıdalarla alınan karbonhidrat ve proteinleri fermente ederek laktik asit, butirik asit, asetik asit gibi kısa zincirli yağ asitlerine ve hidrojen, karbondioksit gibi gazlara dönüştürürler.

• Kısa zincirli yağ asitleri barsak mukoza hücreleri için enerji kaynağıdır.

• Kısa zincirli yağ asitleri intestinal peristaltizmin uygun gerçekleşmesine katkıda bulunur.

• Butirat, Nükleer Faktör Kappa (Faktör NF-kB) transkripsiyonunu ve IL-8 üretimini inaktive ederek güçlü bir anti-inflamatuar etkinlik sağlar. Firmicutes cinsi bakterilerin, özellikle Faecalibacterium prausnitzii ‘nin butirat üretiminde en etkin rolü oynadığı kabul edilmektedir. Bu bakteriler , bağırsak florasının % 5-15’ini oluşturur. Alfa 1 antitripsin, kalprotektin gibi akut faz reaktanı proteinler intestinal mukozada inflamatuar iritasyondan sorumludur.

F. prausnitzii azalması inflamasyon derecesinde artışla korelasyon gösterir.

• Sağlıklı kişilerde kolon epitel hücreleri koruyucu mukoza tabakasıyla örtülüdür. Verrucomicrobia cinsi bakteriler , özellikle Akkermansia muciniphila goblet hücrelerinden mukoza üretimini destekleyerek immun modulasyona katkıda bulunur. Mukoza tabakası hasara uğradığında ya da musin üretimi yetersiz kaldığında patojen, kirletici ve alerjen maddeler doğrudan mukozal hücrelerle temas eder ve inflamasyona neden olur. (4,5)

DİSBİYOZİS

Kronik gastrointestinal hastalıklar, antibiyotik kullanımı gibi nedenlerle bağırsak mikrobiyotası değişebilir. İntestinal mikrobiyota dengesinde bozukluk “disbiyozis” olarak tanımlanmaktadır. Mikrobiyota dengesinde bozulma olduğunda bağırsak geçirgenliğinde artma, kısa zincirli yağ asitleri üretiminde değişme, kolon rezistansında azalma olduğu gösterilmiştir. Firmicutes suşlarında azalma ve Salmonella, Shigella, Klebsiella, Proteus, Escherichia coli gibi Proteobacteria türlerinin artışı, çeşitli hastalıklarla ilişkilendirilmektedir.

Sülfat tüketen bakteriler, hidrojen sülfit (H2S) üretimine yol açarak bağırsak hastalıklarının gelişimine zemin hazırlarlar. H2S intestinal epitelde hasar yapan, buna bağlı olarak hücresel atipiye yol açan toksik bir metabolik üründür. Bilophilia wadworthii, Desulfomonas pigra ve Desulfovibrio piger türleri H2S üretiminde önemli rol oynayan bakterilerdir. Zorunlu anaerob olan Clostridium türleri, immun modulatif etkileri ve IL-10 üretimini arttırmaları sebebiyle patojenik etkileri olan bakterilerdir. Özellikle Clostridium cinsi bakterilerin toksin üreten kökenleri otistik spektrumlu hastalarda saptanmakta, sıklıkla intestinal ve ekstra­ intestinal otistik yakınmalara yol açmaktadır.

Solunum yolu mukozasında bulunan vepatojen olarak bilinen Haemophilus ve Fusobacteria türleri de bağırsaklarda saptanabilmektedir. Araştırmalar bu patojenik türlerin kronik inflamatuar bağırsak hastalıkları, kolorektal karsinomlar ve apandisit ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Dışkıda yapılan moleküler-genetik araştırmalar arttıkça, bu ilişki daha iyi tanımlanacaktır (6,7).

DİSBİYOZİSİN KLİNİK SEMPTOMLARLA İLİŞKİSİ

İntestinal mikrobiyotanın ayrıntılı analizleriyle oldukça değerli sonuçlar elde edilmiştir. Bağırsak flora populasyonunun ideal organizasyonu, sağlıklı fizyolojik yaşamın ana unsurlarındandır. İntestinal mikrobiyota kişisel olarak tanımlandığında, artmış ya da azalmış kökenlerin varlığına göre diyet düzenlenmes, uygun prebiyotik probiyotiklerin kullanımı gibi çözümler uygulanabilir.

1. Obezite ve Metabolik Sendrom

Sağlıklı kişilerde genellikle Firmicutes/Bacteroidetes oranı 1:1 ile 1:3 oranında değişir. Kilolu kişilerde ise bu oran 3:1 den 25:1 e kadar değişir. Bazı yüksek kilolu kişilerde 200:1 oranına ulaştığı gösterilmiştir (8 ,9).

Obezitenin bir diğer sonucu da firmicute genusuna ait olan Faecalibacterium prausnitzii miktarındaki belirgin azalmadır. F.prausnitzii barsak florasında en sık rastlanan 3 bakteriden biridir. Butirat üretir. Butirat barsak mukozasının gelişimini destekler. Butirik asit tuzları Faktör NF-kB’ nin transkripsiyonunu inhibe eder ek  kemokin ve lnterlökin 8 salınımını engeller.  Obezlerde,  hsCRP ve lnterlökin 6 seviyeleri belirgin artmış , aynı zamanda F.prausnitzii miktarı azalmıştır. Bu hastalarda F.prausnitzii miktarı arttırıldığında mukoza korunabilir ve inflamatuar reaksiyonlar azaltılabilir (4).

Goblet hücrelerinden üretilen mukus yapımına katkıda bulunan A.muciniphila türleri de fazla kilolu kişilerde sıklıkla azalmıştır. Mukus, intestinal epitel hücrelerinin üzerini örterek kimyasal ve mekanik etkilerden koruyan bir bariyer oluşturur. Yüksek yağlı diyetle beslenen kişilerde Akkermansia muciniphila miktarının belirgin olarak azaldığı gösterilmiştir. Bu kişilerin diyetine olligosakkaritler içeren prebiyotikler eklenerek bakteri sayısı kısmen arttırılabilir. Hayvan deneylerinde A. muchiniphila desteğinin kilo vermeye, mukoza tabakası gelişimine, açlık kan glukozu ve insülin direncini azaltmaya olumlu etkileri gösterilmiştir. İnsanlar üzerinde de benzer sonuçlar elde edildiği bildirilmektedir (10).

2. İntestinal İnflamasyon

İrritabl bağırsak sendromu, pek çok kişide rastlanan, yaygın, uzun süreli ve ataklarla kendini gösteren bir klinik tablodur. Son çalışmalarda irritabl kolon yakınmaları ve Crohn hastalığı olan kişilerde F. prausnitzii miktarının yaklaşık %30 oranında azaldığı gösterilmiştir. F. prausnitzii türlerinin anti inflamatuar etkisi olan butirat üretiminde en önemli rolü oynadığı ve butiratın Faktör NF-kB ve IL-8 üzerindeki inhibitör etkisi düşünüldüğünde, bu azalma mukoza üzerindeki anti inflamatuar etkiyi olumsuz yönde etkilemektedir (4,6)

Crohn hastalığı tanısı yeni konulmuş çocukların yaklaşık %70’inde Campylobacter türleri izole edilmektedir. Bu sebeple dışkıda Campylobacter türleri izole edildiğinde probiyotik verilmesinin patojenik bakterileri azaltacağı yönünde tartışmalar giderek artmaktadır (11).

“Aşırı geçirgen bağırsak sendromu (leaky gut syndrome)” intestinal mikrobiyota ile yakından ilişkili olduğu öne sürülen bir klinik paterndir. Bu kişilerde A. muchinophilia ve F. prausnitzii miktarları azalmıştrı. Bağırsak hücreleri yan yana dizilmiş tuğlalar gibidir. Aralarında da tuğlalar arasındaki çimento diyebileceğimiz “sıkı bağlantılar” vardır. Böylelikle istenmeyen maddeler buradan bağırsağın dışına (yani vücudun içine) geçemezler, bağırsak içinde kalarak kalınbağırsaktan atılırlar. Bağırsak hücrelerinin şeklinin ve hücreler arasındaki bağlantının sağlıklı olması için hücrelerin gergin durması gerekir, bu da bağırsakların gergin durmak için yeterli enerjisi olduğunda gerçekleşir. F. prausnitzii türleri besinlerle alınan polisakkaritleri kullanarak kısa zincirli yağ asidi oluştururlar. Kısa zincirli yağ asitlerinden de enerji üretilir. Bağırsağın hemen dış yüzeyinde, bağırsaktan geçen maddeleri inceleyen bağışıklık sistemi hücreleri vardır. Bağırsaktan aşırı bir geçiş olduğu zaman bu bağışıklık sistemi hücreleri aktifleşirler ve bir reaksiyon başlatırlar ama bu reaksiyon hastalık oluşturmayacak kadar azdır.

Buna düşük düzeyli inflamasyon denir. Düşük düzeyli inflamasyon, bağırsak geçirgenliği devam ettiği sürece bitmez, bu da uzun zamanda vücudun bütün enerjisinin bağışıklık sistemi hücreleri tarafından kullanılmasına sebep olur. Dolayısıyla ihtiyacı olan diğer organlara yeterli enerji gidemez ve bu organlarda bazı problemler oluşmaya başlar. Aşırı geçirgen bağırsak sendromunun bir diğer kötü yanı da içeri giren istenmeyen maddelerin vücudun zayıf olan dokularına giderek orada birikmesi ve uzun süreçte bağışıklık sisteminin bu dokulara saldırması ile otoimmün hastalıklara sebep olmasıdır (12,13).

3. İntestinal Tümörler ve İntestinal Kanserler

Diğer bilinen kanserojen etkilerin yanı sıra asitler, özellikle hidrojen sülfat atipik hücre gelişimini arttırır, mukoza iritasyonu yaparak kolorektal kanser yatkınlığına neden olur. Sülfat üreten bakteriler Desulfomonas piger, Desulfovibrio piger ve H2S üreten Clostridium türleridir. Dışkı mikrobiyom analizinde sülfat üreten bakterilerde sayıca artış görüldüğünde pro-prebiyotik terapileri uygulanabilir.

İntestinal tümörlerde de intestinal mikrobiyotanın değiştiği gösterilmiştir. Bu kişilerde sıklıkla F. prausnitzii miktarı saptanamayacak kadar azalmıştır (13).

4. Artrit

Romatoid artritli hastaların intestinal mikrobiyomlarında hastalığın gelişimi ve progresyonuna paralel olacak şekilde bakteriyel dengesizlikler saptanmaktadır . Örneğin Prevotella copri bağırsak mikroflorasında fizyolojik sınırlarda yer aldığında bağışıklık ve sindirim sistemi için yararlıdır. Ancak romatoid artritli hastalarda Prevotella copri ve diğer prevotella türlerinin miktarının çok arttığı saptandığı bildirilmektedir. Bu durumun diğer yararlı bakterilerin üremelerini ve fonksiyonlarını gerçekleştirmelerini engellediği öne sürülmektedir (14).

5. Otizm

Otizmde genetik faktörler büyük rol oynar. Bununla beraber başka pek çok faktör de hastalık gelişimine sebep olabilmektedir. Otistik spektrumu içeren klinik yakınmalara pek çok bağırsak hastalığı da eşlik etmektedir. Çalışmalar antibiyotik kullanımının sadece bağırsak şikayetlerini kolaylaştırmakla kalmadığını, otizmin diğer semptomlarında da artışa yol açtığını göstermektedir. İntestinal mikrofloranın beyin- barsak ekseni üzerinden, beyin gelişimine de katkıda bulunduğu öne sürülmektedir. Bağırsak biyoçeşitliliğinin bozulmasının otizm gelişimine yol açmasının yanı sıra, semptomların şiddetini de arttırdığı bildirilmektedir. Otizmli çocuklarda toksin üreten Clostridium türlerinin arttığı saptanmaktadır. Otizmli çocuklarda , normal nörolojik gelişimi olan kontrol grubuna göre daha fazla miktarda Clostridium türleri izole edilmektedir. Ancak Clostridium türlerinin fazlalığının otizm başlangıcı ve gelişiminde nasıl rol aldığı henüz tam anlaşılamamıştır. Otizmli çocukların dışkılarında Clostridium türlerinin toksin üreten türleri saptandığında uygun probiyotik kullanılması önerilmektedir (7,15).

6. Alzheimer Hastalığı

Yeni bir çalışmada Alzheimer hastalarının intestinal mikrofloralarında F. prausnitzii miktarının %100 oranında azaldığı gösterilmiştir (n=52). Ayrıca bu hastaların dışkılarının %87.5’inde kalprotektin, antitripsin gibi inflamasyon indikatörlerinin arttığı saptanmıştır. hsCRP değerleri bu hastaların %91′ inde yüksektir. Bu veriler vücutta sistemik bir inflamasyon varlığını göstermekte, F. prausnitzii miktarındaki azalmanın, bu inflamasyonun nedeni olabileceği öne sürülmektedir (16). Sonuç olarak, kişisel bağırsak mikrobiyotasının belirlenmesi ile kişiye özel tavsiye ve tedavi yaklaşımları mümkün olmaktadır.

Kaynaklar:

  1. Turnbaugh, P.J.; Ley, R.E.; Hamady, M.;Fraser-Liggett,C.M.; Knight, R.; Gordon,J.I. (2007). “The Human Microbiome Project”. Nature 449: 804-81O.
  2. Bull M.J., Plummer N.T.. Part 1: The Human Gut Microbiome in Health and Disease. in: lntegrative Medicine: A Clinician’s Journal 13(6), S. 17-22, 2014
  3. Jandhyala, S. M. et al: Role of the normal gut microbiota. in: World J Gastroenterol 21(29), S.8787-8803,2015
  4. Miquel, S. et al.: Faecalibacterium prausnitzii and human intestinal health. in: Curr Opin Microbiol. 16(3), S. 255-261, 2013
  5. Everard A., et al.: Cross-talk between Akkermansia muciniphila and intestinal epithelium controls diet-induced obesity. in: PNAS 110(22), S. 9066-9071, 2013
  6. Ramezani, A. et al.: The Gut Microbiome, Kidney Disease, and Targeted lnterventions. in: JASN 25(4), S. 657-670, 2014
  7. Song, Y. et al.: Real-Time PCR Quantitation of Clostridia in Feces of Autistic Children . in: AEM 70, S.6459-6465,2004
  8. The NIH HMP Working Group et al.: The NIH Human Microbiome Project. in: Genome Res. 19, S. 2317-2323, 2009.
  9. Kasai et al. Comparison ofthe gut microbiota composition between obese and non-obese individuals in a Japanese population, as analyzed by terminal restriction fragment length polymorphism and next-generation sequencing BMC Gastroenterology (2015) 15:100 DOI10.1186/sl 2876-015-0330-2
  10. Everard, A. et al.: Cross-Talk between Akkermansia muciniphila and lntestinal Epithelium Controls Diet-lnduced Obesity. in: PNAS 110(22), S. 9066-9071, 2013
  11. Deshpande, N. P. et al.: Comparative genomics of Campylobacter concisus isolates reveals genetic diversity and provides insights into disease association. in: BMC Genomics 14, 585, 2013
  12. Michielan, A. et al.: lntestinal Permeability in lnflammatory Bowel Disease: Pathogenesis, Clinical Evaluation, and Therapy of Leaky Gut. in: Mediators of lnflammation, 2015, 628157
  13. Nava G.M. et al.: Abundance and diversity of mucosa-associated hydrogenotrophic microbes in the healthy human colon. in: The iSME Journal 6(1), S. 57-70, 2012
  14. Seher, J. U. et al.: Expansion of intestinal Prevotella copri correlates with enhanced susceptibility to arthritis. in: elife, 2, e0l 202, 2013
  15. Smith, P.A.: Brain, meet gut. in: Nature 526, S. 312-314, 2015
  16. Leblhuber, F. et al.: Elevated fecal calprotectin in patients with Alzheimer’s dementia indicates leaky gut. J Neural Transm (Vienna) 122(9) S. 1319-1322, 2015
  17. Mandal, S. et al.: Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition. in: MEHD 26, S. 27663-27670, 2015

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Farmakogenetik DNA Paneli

İlaç seçimi, ilaç dozu, etkileşimi ve yan etki değerlendirmesinde, kişiye özel tedavi kararınızda genetik desteğiniz.

İlaçların istenilen etkinliği göstermemesi ve ilaca bağlı yan etkilerin en önemli nedeni, kullanılan ilaçların hastanın genetik yapısına uygun olmamasıdır.

İlaçların metabolizması kişiden kişiye farklılık göstermektedir. Bu durum ilaçların metabolizma yolağındaki enzimlerin, her kişide farklı genetik yapılarla düzenlenmiş olmasına bağlıdır. Aynı etken madde farklı kişilerde yavaş, hızlı veya normal metabolize edilmesine göre az, çok veya normal etkinlik göstererek her bireyde farklı tedavi sonuçlarına ve yan etkilere yol açar.

Uygulanan tüm ilaç tedavilerinde, vakaların % 40-70’inde ilaçlar yeteri kadar etkili olamamakta ve hastaların %7-10’unda ilaçların yan etkileriyle karşılaşılmaktadır. Her yıl ABD’de ilaçlara bağlı en az 2,2 milyon yan etki vakası oluşmakta ve bunların 100.000’den fazlası ölümle sonuçlanmaktadır. Bir ilacın hangi hastada etki veya yan etki oluşturacağını gösteren Farmakogenetik testlerin kullanımı yan etki vakalarını ve bunlara bağlı kayıpları azaltmaktadır.

Farmakogenetik testler bir hastanın ilaç tedavisine vereceği yanıt, toksisite ve ilaç etkileşimlerini belirlemek için yapılan DNA analizleridir. Kişiye özel tedavi uygulamasına olanak sağlar.

Amerika Birleşik Devletleri’nde sağlık otoritesi FDA  ve Avrupa’da EMA  en sık kullanılan yüzlerce ilacın prospektüsünde  Farmakogenetik bilgi  ve özel uyarılar bulunmasını zorunlu kılmaktadır. Bu ilaçlarla tedaviye başlanırken kişinin genotipine özel doz ayarlaması, klinik yanıt varyasyonları ve  yan etki risklerinin belirlenebilmesi  için Farmakogenetik  test yapılması istenmektedir.

FARMAKOGENETİK DNA PANELİ,  Avrupa Farmakogenetik Derneği Başkanı Prof. Dr. Ron van Schaik  tarafından Rotterdam’da Erasmus Üniversitesi’nde kurulan  laboratuvarda yapılmaktadır.  

FARMAKOGENETİK DNA PANELİ:

• Uygun etken madde seçimi,

• Optimal dozun belirlenmesi,

• İlaç etkileşimlerinin belirlenebilmesi,

• Yan etki olasılıklarının azaltılması

• Tedaviye uyumun artırılması

sağlanarak kişiye özel tedavi planlaması ve uygulaması mümkün olur.

 

Test prosedürü kolay ve hızlıdır.

  1. Ağız içinden epitel örneği alınır. İğne ve kan örneği yoktur.
  2. Alınan örnek özel kitine yerleştirilir.
  3. Güvenlik barkodları ile korumaya alınır ve uygun şartlarda laboratuvara iletilir.
  4. Genetik konsültasyon içeren sonuç kısa bir sürede gönderilir.

 

 

 

 

 

 

 

Farmakogenetik DNA Paneli Örnek Raporunu Görüntülemek İçin Tıklayınız.

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

ColoAlert

KOLOREKTAL KANSERİ ÖNLEMEDE YENİ NESİL TARAMA

Kolorektal Kanser Hakkında Önemli Bilgiler

Dünya Sağlık Örgütü uzmanlarının tahminlerine göre dünya çapında yılda 940,000 yeni kolorektal kanser vakası meydana geliyor ve sonrasında da 500,000 ölüme neden oluyor. Dolayısıyla bu kanser türü, cinsiyete özgü olmayan kanserler arasında önde gelen kanserlerdendir.

İyi haber ise, kolorektal kanserin gelişmesi için 10 ila 15 yıla ihtiyaç vardır ve evre 1 veya 2 gibi erken dönemlerde saptandığında vakaların %90’ında tamamen tedavi edilebilir. Buna karşılık, eğer kanser zaten yayılmışsa (evre 4) iyileşme şansı %10’un altına düşmektedir. Bu nedenle kolorektal kanser taraması ve erken tespiti kritik öneme sahiptir.

Anahtar Kelimeler: Duyarlılık Ve Özgüllük

Çok basit olarak duyarlılık, teşhis oranı (gerçek pozitiflik oranı) olarak açıklanabilir. Duyarlılığı %90 olan bir test 100 hastadan 90’ını doğru olarak belirler. Özgüllük ise, doğru olarak tespit edilen negatif sonuçların oranıdır (gerçek negatiflik oranı). Dolayısıyla özgüllüğü %90 olan bir test, 100 sağlıklı bireyden sadece 10’unda yanlış olarak hastalık saptar.

Önde Gelen Onkologların Tavsiyeleri:

Giderek artan sayıda onkoloji uzmanı tarafından, kolorektal kanser taramasının 40 yaşından itibaren yaptırılması tavsiye edilmektedir. Eğer ailede bilinen kanser vakaları varsa, taramalara daha bile erken başlanılmalıdır. Kolorektal kanser taramaları alanında, kolonskopi altın standart olarak düşünülür. Ancak kolonoskopinin neden olduğu psikolojik ve fiziksel stres nedeniyle, daha basit ve girişimsel olmayan (non-invaziv) yöntemler geliştirilmektedir. Toplumun büyük kesiminin kolorektal kanser taramasından kaçınmasını önlemek amacıyla genellikle yıllık olarak ‘dışkıda gizli kan testi’ yapılması önerilmektedir. Bunun için sadece basit bir dışkı örneği yeterlidir ve invaziv girişim gerektirmemektedir. Fakat ne yazık ki gizli kan testinin tek başına düşük hassasiyette olması nedeniyle, çok sayıda kolorektal kanser vakası uzun süre saptanamamaktadır.

Genetik Tanı: Başarının Anahtarı

ColoAlert testinde, laboratuvar uzmanları yüksek kesinliğe sahip bir moleküler-genetik analiz yöntemi kullanmaktadırlar. Bu yöntem ile sağlıklı hücrelere kıyasla değişmiş bir DNA yapısına sahip olan tümör dokusunu saptamak amaçlanmaktadır ve duyarlılığı %85’in üzerindedir.


“ColoAlert, tümör DNA’sını saptaması sayesinde kolonoskopi ve non-invaziv testler arasındaki analitik boşluğu etkin bir biçimde azaltmaktadır.”

Prof. Dr. M. Dollinger

ColoAlert Çalışmaları
Başhekimi Landshut

 


ColoAlert Size Çok Sayıda Fayda Sunmaktadır:
ColoAlert İle İlgili Güncel Çalışmalar:
 Martin-Luther-Üniversitesi Halle-Wittenberg ve Leipzig Üniversite Hastanesi tarafından yürütülen çok merkezli bir çalışmada 626 hasta; gizli kan testi, M2 pirüvat kinaz (M2-PK) ve tümör DNA’sı analizleri ile paralel olarak Almanya’da incelenmiştir. Bu üç non-invaziv test, altın standart olan kolonoskopi ile analitik kaliteleri açısından karşılaştırılmıştır. Gizli kan testi, yüksek özgüllüğü (sağlıklı bireyin sağlıklı olarak belirlenme ihtimali) nedeniyle ikna edici iken, hassasiyeti (saptama oranı) en düşük olan test olduğu görüldü. M2-PK ise tam tersi bir sonuç gösterdi. Gizli kan testi ile birlikte kullanılması halinde hassasiyeti en az %6 arttırabilirken, yine de özgün olmadığı belirlendi. ColoAlert, non-invaziv yöntemler arasında en doğru tahmin değerine ulaşmıştır: kolorektal kanserin tespitinde %85 gibi yüksek bir duyarlılığın yanında %90 özgüllüğe de ulaşılmıştır. Bu değerler, önde gelen onkoloji klavuzları tarafından talep edilmektedir. Birçok başka klinik çalışmada da kolorektal kanserden korunmada tümör DNA’sının saptanmasının çok büyük faydası olduğu gösterilmiştir. Bu da ColoAlert’in kesinliğini doğrulamaktadır.

 Non-invazif (girişimsel olmayan) bir yöntemdir.

 %85 oranında yüksek duyarlılığı ve beraberinde tavsiye edilen en az %90 özgüllüğü sağlamaktadır.

 Doğrudan tümör DNA’sını saptayan bir test yöntemidir.

 Kolorektal kanserin erken evrede saptanabilme oranını yaklaşık dört kat arttırarak, iyileşme şansını önemli derecede arttırır.

 Rahat ve kolaydır.

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Klinik Ekzom

Bilinen tüm klinik fenotiplerle ilişkili genler hedefimizde

Klinik Ekzom testi, bilinen klinik fenotiplerle ilişkilendirilmiş bütün genlerin kodlayıcı bölgelerine odaklanır. Böylelikle ek maliyetleri azaltır ve genlerin hastalıklarla ilişkili olmayan bölgelerinin dizilenmesiyle ortaya çıkabilecek belirsiz sonuçlara engel olur.

Mevcut en geniş kapsamlı NGS (Yeni Nesil Dizileme) Paneli olan Klinik Ekzom testinin içeriğinde 3200’den fazla hastalık bulunmaktadır. OMIM ve HGMD’de net olarak genotip–fenotip ilişkisi ortaya konmuş hastalıkları hedefler.

Klinik Ekzom içeriğindeki yaklaşık 6700 gen, özel tasarlanmış problar sayesinde güçlü bir performans ile kısa sürede dizilenmektedir. Dizilenenler arasındaki yaklaşık 4000 genin kodlayıcı bölgeleri %100 oranında kapsanmaktadır.

Geniş kapsamlı klinik bilgi imkanı

Yoğun içerik

  • Klinik fenotiplerle ilgili bilinen tüm genler hedeflenir
  • Herhangi bir kırpılma hatasını saptayabilmek üzere +/- 10bp intron bölgeleri değerlendirilir

Esnek test seçenekleri

  • Solo veya trio olarak uygulanabilir
  • Prenatal tanı mümkündür
  • Kardeşler teste eklenebilir

En iyi panel özellikleri

  • Hedeflenen bazların %95’i > 20X kapsanır
  • Yaklaşık bir ayda sonuçlandırılır
  • Raporlanan tüm mutasyonlar Sanger dizileme ile doğrulanır

Yüksek yetkinlik

  • En ileri biyoinformatik süreçler
  • Klinik verinin ayrıntılı değerlendirmesi
  • Açık klinik tanı raporu
  • Negatif vakalarda ayırıcı tanıya dair tavsiyeler

Az örnek gereksinimi

  • 1 ml EDTA tam kan
  • 1µg saflaştırılmış DNA

Klinik ekzom testi kapsamındaki hastalıklar

Metabolik Onkogenetik Hematolojik
Nörolojik Kemik, cilt ve immünolojik Vasküler
Reprodüktif Kardiyovasküler Endokrin
Malformasyonlar Kulak, burun ve boğaz Gastrointestinal
Oftalmolojik Nefrolojik Kas-iskelet

Klinik ekzom testinden kimler faydalanabilir?

  • Klinikle ilişkili genleri daha derinden incelemeyi isteyen hekimler
  • Tanımlanamamış fenotipi olan hastalar
  • Fenotipik heterojeniteyle karşı karşıya olan ve tüm ekzom testi için imkanı olmayan hekimler
  • Tanımlanmış fenotipi olup hastalığa özgü pahalı NGS paneller yerine uygun bir seçenek arayan hastalar

Farklı testlerden elde edilecek verilerin karşılaştırması

Hızlı iş akışı ile tanıda yüksek kesinlik

 

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Trombofili Taraması

Trombofili, kanda pıhtılaşma eğiliminin arttığı, dolayısı ile Venöz Tromboemboli (VTE) riskinin yüksek olduğu durumları tanımlamak için kullanılan bir terimdir. Günümüzde VTE Batı ülkelerinin genel nüfusunda her yıl yaklaşık 1000’de 1-2 bireyi etkileyen ciddi bir sağlık problemidir (1,2). Çok sayıda edinsel (Tablo 1) ve kalıtsal faktörün (Tablo 2) değişik mekanizmalarla tromboz oluşumuna neden olduğu bilinmektedir (3,4). Arteriyel sistemde endotel hasarının ve trombositlerin fonksiyonel bozukluklarının önemli rol oynadığı, venöz sistemde ise daha çok staz ve pıhtılaşma sistemine ait bozuklukların tromboz gelişimine neden olduğu bilinmektedir (5).

Kalıtsal trombofili nedenlerini genetik olarak taşıyan bireylerde tromboz riski artmakla birlikte, yaşamları boyunca hiçbir trombotik atak geçirmemeleri de mümkündür. Bu kişilerde tekrarlayan trombotik ataklar arasında uzun süren asemptomatik dönemler de olabilmektedir. Bu durum, tek başına kalıtsal nedenlerin yeterli olmadığını, tromboz gelişiminde bazı edinsel faktörlerin katkısı olduğunu göstermektedir. (6,7).

Tablo 1. Edinsel trombofili nedenleri

Arteriyel Tromboz Nedenleri

Venöz Tromboz Nedenleri

İleri yaş

Ateroskleroz

Sigara içme

Hipertansiyon

Diabetes mellitus

Antifosfolipid sendromu

LDL kolesterol yüksekliği

Oral kontraseptif kullanımı

Östrojen kullanımı

Lipoprotein(a) yüksekliği

Polisitemi

İleri yaş

Genel cerrahi girişimler

Ortopedik cerrahi girişimler

Travma

İmmobilizasyon

Antifosfolipid sendromu

Nefrotik sendrom

Malinite

Ciddi varisler

Gebelik

Postpartum dönem

Oral kontraseptif kullanımı

Östrojen kullanımı

Behçet Hastalığı


Tablo 2. Kalıtsal trombofili nedenleri ve sıklıkları

Toplumda

Prevalans (%)

İlk VTE’de Prevalans (%)

Tekrarlayan VTE’de Prevalans (%)

Antitrombin eksikliği

0.02-0.04

1-2

2-5

Protein C eksikliği

0.02-0.05

2,5-5

5-10

Protein S eksikliği

0.01-1

1-3

5-10

APC direnci/FV Leiden

Mutasyonu heterozigot

2-10

20

40-50

APC direnci/FV Leiden

Mutasyonu homozigot

1,5

2

Protrombin G20210A

1-3

9

15-20

Hiperhomosisteinemi

5-10

10-25

Disfibrinojenemi

çok nadir

Son yirmi yıl boyunca trombofili etyolojisi hakkındaki bilgilerimiz önemli ölçüde artmış ve çeşitli kalıtsal ve edinsel risk faktörleri keşfedilmiştir. Bu durum trombofilinin geniş çapta laboratuvar incelemesine olanak tanımıştır. Trombofilinin laboratuvar incelemesi, APCR, Faktör V Leiden mutasyonu, Protrombin G20210A mutasyonu, fizyolojik antikoagülanlar olan Antitrombin, Protein C ve Protein S eksiklikleri, Antifosfolipid antikorlarının varlığı ve artmış plazma Homosistein düzeylerinin araştırılması suretiyle venöz tromboembolizmin kalıtsal veya edinsel sebeplerini tesbit etmeyi amaçlar(3). Faktör V Leiden mutasyonunun coğrafi dağılımı değişik olup, ülkemizde görülme oranı %7-10’dur.

Kalıtsal trombofili taranması önerilen özellikli hasta grubu:

1- İlk VTE atağını 40 yaş altında geçiren kişiler (8,9,10)

2- Ailesinde tromboembolizm öyküsü olan kişiler

3- Tekrarlayan VTE öyküsü olan hastalar

4- Portal, mezenterik, splenik, hepatik, renal veya serebral venler gibi beklenmedik bölgelerde

tromboz meydana gelmiş kişiler (9,11)

5- Purpura fulminans ile başvuran çocuklar

6- Venöz tromboz riski taşıyan gebeler

7- Warfarine bağlı deri nekrozu öyküsü olanlar

8- Neonatal tromboz öyküsü olan hastalar (3,4)

Protein C ve Protein S testleri trombozun akut döneminde yapıldığında yanlışlıkla düşük bulunabilir. Heparin tedavisi altındaki hastalarda da antitrombin düşük bulunacaktır.

Faktör V Leiden, Protrombin G20210A mutasyonu moleküler inceleme testleridir. APC direnci moleküler bir inceleme olmayıp çabuk sonuçlanan koagülasyon testine dayalı bir incelemedir. APC direncinin <0,86 olduğu hastalarda öncelikle Faktör V Leiden mutasyonu düşünülmelidir.

Yapılan tahlilleri klinikle ilişkilendirebilmek ve sonuçların yanlış yorumlanmasını önleyebilmek için trombofilinin laboratuvar incelemesinde tahlil yapılacak hasta, yapılacak tahliller, tahlil zamanı ve tahlil yöntemi özenle seçilmelidir.

KAYNAKLAR:

1. Heit JA. Venous thromboembolism: disease burden, outcomes and risk factors. J Thromb Haemost 2005; 3: 1611–17.

2. Bronic A. Thromboembolic diseases as biological and clinical syndrome – role of the Mediterranean League against Thromboembolic Diseases. Biochem Med 2010; 20: 9–12.

3. Margetic S. Laboratory investigation of trombophilia. J Med Biochem 33: 28-46, 2014.

4. Türk Hematoloji Derneği Kalıtsal Trombofili Tanı ve Tedavi Kılavuzu.

5. Rosendaal FR: Venous thrombosis: a multicausal disease. Lancet 353: 1167, 1999.

6. Lane DA, Manucci PM, Bauer KA.: Inherited thrombophilia: Part-1. Thromb Haemost 76: 651, 1996.

7. Makris M, Rosendaal FR, Preston FE: Familial thrombophilia: Genetic risk factors and management. J Int Med 242: 9, 1997.

8. Carraro P. European Communities Confederation of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (EC4) Working Group on Guidelines for Investigation of Disease. Guidelines for the laboratory investigation of inherited thrombophilias. Recommendations for the first level clinical laboratories. Clin Chem Lab Med 2003; 41: 382–91.

9. Nicolaides AN, Breddin HK, Carpenter P, Coccheri S, Conard J, De Stefano V, et al. European Genetics Foundation Cardiovascular Disease Educational and Research Trust International Union of Angiology Mediterranean League on Thromboembolism. Thrombophilia and venous thromboembolism. International consensus statement. Guidelines according to scientific evidence. Int Angiol 2005; 24: 1–26.

10. Baglin T, Gray E, Greaves M, Hunt BJ, Keeling D, Machin S, et al. Clinical guidelines for testing for heritable thrombophilia. Br J Haematol 2010; 149: 209–20.

11. College of American Pathologists Consensus Conference XXXVI: Diagnostic issues in thrombophilia. Arch Pathol Lab Med 2002; 126: 1277–433.

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Mody Paneli

MODY (Maturity-Onset Diabetes of Young); genç başlayan (genellikle < 25 yaş), insüline bağımlı olmayan ve klinik olarak heterojen bir diyabet tipidir. Monogenik bir hastalık olan MODY, çoğunlukla otozomal dominant kalıtım gösterir ve tüm diyabet olgularının yaklaşık %2-3’ünü oluşturur. Genetik heterojenite de gösteren MODY’i Tip 1 ve 2 Diabetes Mellitus’tan (DM) ayırt etmek zor olabilmektedir. Birçok toplumda Tip 2 DM tanısı alan hastaların %5’lik bir kısmının MODY olduğu öngörülmektedir. Örneğin İngiltere’de MODY vakalarının %80’den fazlasının Tip 1 veya 2 DM olarak yanlış teşhis edildiği gösterilmiştir. MODY’nin DM’den farklı olan belirgin özellikleri; Tip 1 DM’de sıklıkla tespit edilen otoantikorların ve Tip 2 DM’de genellikle görülen obezitenin bulunmamasıdır. MODY’nin tedavisinin genetik etiyolojiye göre değişiyor olması, seyrek görülen bu hastalığın klinik önemini arttırmaktadır.

MODY Temel Panel hastalık ile ilişkilendirilmiş HNF1AHNF1BHNF4A ve GCK genlerinin dizilenmesini içerir.
MODY Genişletilmiş Panel kapsamında ise temel paneldeki genlere ek olarak ABCC8INSKCNJ11PDX1NEUROD1KLF11CELPAX4 ve BLK genleri yer almaktadır.
MODY panellerinde, belirtilen genlere ait tüm kodlayan ekzonik bölgeler yeni nesil dizileme ile taranır ve ortaya çıkan varyasyonların biyoinformatik analizleri yapılır. Ortalama hizmet süresi 4-6 haftadır.

Gençlerde görülen ve erişkin başlangıçlı diyabet gibi seyreden MODY şüphesi olan hastaların genellikle:

  • Yaşları genç olur (diyabet başlangıç yaşı <25)
  • Ailelerinde iki veya daha fazla kuşakta diyabet bulunur (otozomal dominant geçişli)
  • Hiperglisemiye eşlik eden obezite veya metabolik sendrom öyküsü bulunmaz
  • İnsülin dirençleri yoktur ve pankreas rezervleri iyidir
  • Asıl sorun insülin sekresyon mekanizmasında olduğu için otoantikorları negatif bulunur
  • Kan glukoz regülasyonları için insülin tedavisi gerekmez veya düşük dozla regülasyon sağlanır

Günümüzde birçok vakada MODY tanısı atlanmış veya Tip 1 veya 2 DM olarak yanlış sınıflandırılmıştır. Tip 1 ve 2 DM tanısı ile izlenen, ancak atipik gidiş gösteren, insülin direnci saptanmayan veya sülfonilüre grubu ilaçlara aşırı duyarlılığı olan hastalarda MODY’yi düşünmek ve uygun moleküler testler ile tanıyı doğrulamak, diyabet tedavisi için anahtar rol oynamaktadır. Moleküler tanı, hastanın prognozunu etkileyecek uygun tedavinin seçimi, genetik danışma verilmesi ve risk altındaki bireylerin taranması açısından çok büyük önem taşımaktadır. Hastalığın seyri ve ek komplikasyonlar ile ilişkili risk, genellikle ilişkili gen mutasyonlarına bağlıdır. Gelişen moleküler test olanakları ile yeni genler tanımlandıkça, MODY sınıfının giderek genişleyeceği düşünülmektedir. MODY tanısı için, genetik test genellikle sadece klasik özelliklere sahip olanlarda yapılmaktadır. Bununla birlikte, genetik olarak MODY tanısı konan hastaların sadece %50’si klasik kriterleri karşılamaktadır.

MODY (OMIM: 606391) hastalarının %80-85’lik bir kısmında HNF1AHNF1BHNF4A ve GCK genlerinden birinde mutasyonlar görülmektedir. Diğer genlerdeki mutasyonlar (NEUROD1, KLF11, CEL, PAX4, PDX1, INS, BLK, KCNJ11 ve APPL1) ise MODYhastalarının %15-20’lik kısmında görülmektedir. Ek olarak, ABCC8 genindeki mutasyonların da MODY kriterlerini karşıladığı gösterilmiştir.

HNF1A ve HNF4A mutasyonları olan hastalar, yavaş ilerleyen beta-hücre işlev bozukluğuna sahiptirler. Düşük doz sülfonilüre ile tedavi, insülin veya metformin tedavisine kıyasla stabil glisemik kontrol ve yaşam kalitesinde iyileşme ile sonuçlanmaktadır. HNF1Agenindeki mutasyonlar, MODY olgularının yaklaşık %20-50’sini oluşturan MODY3’e neden olur. MODY3 ile ilişkili fenotip, hastalarda normal kan glikoz seviyelerinden yüksek seviyelere kadar değişkenlik göstermektedir. MODY3 hastaları, erken yaşta beta hücre yetmezliği ve ilerleyici hiperglisemi veya ergenlik döneminde mikrovasküler ve makrovasküler komplikasyon riski altındadırlar. Hiperglisemik kontrol sülfonilüre tedavisi ile uzun yıllar sürdürülebilir, ancak MODY3’lü bireyler genellikle insülin tedavisine ihtiyaç duyabilirler. HNF4A genindeki mutasyonlar, MODY olgularının yaklaşık %5’ini oluşturan MODY1’e neden olur ve MODY3’e benzer bir seyir gösterir.

PDX1 genindeki heterozigot mutasyonlar ise MODY4’e neden olur. MODY2MODY olgularının %20-50’sini oluşturan GCK genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkar. MODY2 hastaları tipik olarak, hafif-orta derecede açlık hiperglisemisine sahiptirler ve genellikle asemptomatiktirler. MODY2’ye sahip bireylerin çoğunluğu tek başına diyetle kontrol altına alınır ve nadiren ilaç tedavisine ihtiyaç duyulmaktadır. GCK-MODY, tipik olarak HbA1c <%7 (53 mmol/mol) ile birlikte hafif ve ilerleyici olmayan hiperglisemi gösteren bir fenotipe sahiptir. Diğer tiplerdeki artmış mikrovasküler ve makrovasküler komplikasyonlar ile ilişkili değildir. Tedavi genellikle HbA1c düzeyini değiştirmez. GCK-MODY’nin moleküler tanısı, farmakolojik tedavinin kesilmesine ve gerekli tıbbi gözetim sıklığının azalmasına olanak tanır.

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Periyodik Ateşli Hastalıklar

Ateşli Hastalıklar Temel Panel, yeni nesil dizileme sisteminde MEFV, MVK, TNFRSF1A ve NLRP3 genlerinin tüm kodlayan ekzonik bölgelerinin taranmasını içerir.

Ateşli Hastalıklar Genişletilmiş Panel’de ise ek olarak LPIN2, IL1RN, NLRP12, NOD2 ve PSTPIP1 genleri yer almaktadır. Genişletilmiş Panel ile, klinik olarak periyodik ateş bulgusu bulunan ancak temel panel ile saptanamayan mutasyonların tespiti hedeflenir.

Periyodik Ateş Sendromları (PAS), tekrarlayan ateş atakları ve serozal enflamasyon ile karakterize otoinflamatuar hastalıklar grubudur. Bu gruptaki hastalıklardan bazıları arasında; Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF), Tümör Nekroz Faktör Reseptörü İle İlişkili Periyodik Sendrom (tRAPs), Hiper-IgD Sendromu (HıDs), Mevalonik Asidüri (MVA), Kriyopirin İlişkili Periyodik Sendrom (CAPs), Ailesel Soğuk Otoenflamatuar Sendrom (FCAs), Kronik İnfantil Nörolojik Kutanöz Artiküler Sendrom (CıNCA) ve Muckle-Wells Sendromu (MWs) yer alır. Tedavi edilmeyen PAS; malabsorbsiyon, böbrek yetmezliği, infertilite ve büyüme geriliği gibi ciddi komplikasyonlara neden olabilir. Bu nedenle doğru tanı konması kritik öneme sahiptir. Her PAS’nin kendine özgü bulguları da olmasına rağmen; genel olarak hastaların karın, göğüs, deri ve kas-iskelet sistemlerinde enflamatuar semptomlar gözlenir. Atak süresi ve sıklığı, döküntü tipi, santral sinir sistemi tutulumu (örneğin CAPs’de sıklıkla görülür) ve plevral efüzyon (FMFve tRAPs’de sık görülmesine rağmen HıDs veya CAPs’de nadiren rastlanılır) gibi bazı klinik bulgular ayırt etmeye yardımcı olabilir. Bununla birlikte, belirtilerin yoğunluğu ve yerleşimi hastalar arasında değişkenlik gösterdiği için klinikte kesin tanının konması genellikle zordur. Ayrıca, PAS’nin özgün olmayan bazı belirtileri; enfeksiyonlar, akut apandisit, kolesistit ve artrit gibi birçok yaygın hastalığı da taklit edebilir. Bunun sonucunda ise, doğru tanının konması uzun yıllar gecikebilir veya hasta yanlış tanıya hatta gereksiz operasyonlara maruz kalabilir. PAS’nin moleküler genetik analizi sayesinde, erken ve doğru tanı konularak gereken tedavi uygulanabilir ve böylelikle hastaların yaşam kaliteleri arttırılabilir. Çoğunluğu monogenik kalıtsal hastalıklar olan PAS’den sorumlu olduğu bilinen genlerde 900’den fazla varyant rapor edilmiştir. Bunların %93’nün tek nükleotid varyantı olması nedeniyle, yüksek kaliteli Yeni Nesil Dizileme (NGs) analizleri bu hastalık grubu için ideal bir tanı aracıdır. PAS’nin NGS yöntemleri kullanılarak yapılan moleküler genetik analizi, klinik tanıyı desteklemek için uygun ve güvenilir bir yol olarak kabul edilmektedir.

TESTE AİT BİLGİLER

Ateşli Hastalıklar Paneli ile yeni nesil dizileme sisteminde, temel paneldeki 4 gene ait ve genişletilmiş paneldeki 9 gene ait tüm kodlayan ekzonik bölgeler taranarak ortaya çıkan varyasyonların analizi yapılır. Bireyden alınan kan örneği EDTA’lı (mor kapak) tüplerde laboratuvarımıza ulaştırıldıktan sonra genomik DNA izolasyonu yapılır. Ardından PCR teknolojisi ile hedef bölgeler çoğaltılarak numune yeni nesil dizileme sistemine (NGS) hazır hale getirilir. Dizilenen bölge yoğun bir biyoinformatik analiz sürecinden geçirilerek mutasyonlar ortaya çıkarılır ve rapor oluşturulur. Ortalama hizmet süresi 4-6 haftadır.

HASTALIKLAR İLE İLGİLİ GENEL BİLGİLER

FMF;otozomal resesif kalıtım gösterir ve periton, sinovyum veya plevrada tekrarlayan ateş ve inflamasyona eşlik eden ağrılar ile karakterizedir. Ayrıca FMFhastalarında amiloidoz gelişimi de görülür (French FMF Consortium, 1997). Hastalarda ilkFMF epizodunun yaklaşık %90’lık bir oranla çocukluk veya ergenlik döneminde gözlendiği bilinmekle birlikte, yetişkin bireylerde de (20 yaş ve üzeri) ilk epizodun gerçekleştiği görülmüştür (Tamir N, et al. 1999; Sayarlioglu M, et al. 2005). Türk toplumunda FMF taşıyıcılığı %20 olarak belirlenmiştir (Chae JJ, et al. 2003). Bu durum, ülkemizde FMFtaramalarının ciddi bir öneme sahip olduğunu kanıtlamaktadır. Yapılan çalışmalarda,FMFtanısı konulan hastaların %70-80’lik bölümünde MEFV genine ait mutasyonlar saptanmıştır (Aksentijevich et al. 1999). HıDsve MVA; MVKgenindeki homozigot veya birleşik heterozigot mutasyonlar ile tanımlanan bozukluklardır. Mevalonat kinaz eksikliği biyokimyasal bulguları ile HıDs veya MVAşüphesi bulunan vakaların yaklaşık %95’inde MVKgeninde mutasyonlar tespit edilmiştir (Mandey et al. 2006; Bader-Meunier et al. 2010).Her iki hastalıkta da ateş, eklem ağrısı, deri lezyonları, ağız ülseri ve ishal ile karakterize olup vakaların büyük bir kısmında IgD seviyeleri yüksektir (Drenth JP, van der Meer JW 2001). tRAPs; tNFRsF1Agenindeki mutasyonlar ile bağlantılı, otozomal resesif geçişli bir hastalıktır. tRAPsvakalarının %40-50’sinin ailesel olarak, %5’inin ise sporadik olarak tNFRsF1Agenindeki mutasyonlar ile ilişkili olduğu ortaya çıkarılmıştır (Aksetijevich et al. 2001; Dode et al. 2002). Bireylerde yüksek ateş, döküntü, karın ağrısı, eklem-kas ağrıları karakterizedir (Rezaei N, 2006) ve en önemli farklı yanı da orbita çevresinde ödem, kızarıklık ve konjunktivitin eşlik etmesidir. FCAs1, CıNCAve MWs, CAPs’ın alt grupları olarak bilinmektedir. Bu grup hastalıklar, erken bebeklik dönemlerinde başlar ve ortak olarak döküntü, ateş ve ağrı görülür. Hastalığın şiddeti, alt grubuna ve hastaya göre değişkenlik gösterebilir (National Library of Medicine MeSH:D056587, 2017). lRP3genindeki mutasyonlar ise FCAstanısı konulan hastaların yaklaşık %85’inde ve CıNCAtanısı konulan hastaların yaklaşık %60’ında tespit edilmiştir (Aksentijevich et al. 2007; Aksentijevich et al. 2002). Ayrıca MWs sendromunun da genetik olarak NlRP3geni ile ilişkili olduğu gösterilmiştir (Hoffman et al. 2001). lPıN2geni Majeed sendromu, ıl1RNgeni İnterlökin-1 Reseptör Antagonist Bozukluğu (DıRA), NlRP12geni Ailesel Soğuk Otoenflamatuvar Sendrom 2 (FCAs2), NOD2geni Blau sendromu ve PstPıP1geni Piyojenik Artrit, Piyoderma Gangrenozum ve Akne Sendromu (PAPA) ile ilişkilendirilmiştir (De Jesus AA, Goldbach-Mansky R 2013; Jeru et al. 2008).

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.