Horizon Taşıyıcılık Taraması Testi

/in

Risk ne kadar erken öğrenilirse, o kadar iyi hazırlık yapılabilir ve kararlar alınabilir.

Horizon taşıyıcılık taraması, kişilere ebeveynlik yolculuklarının hangi noktasında olurlarsa olsunlar önemli genetik hastalıkları çocuklarına aktarma riskleri konusunda kritik bilgiler verir.

 

ACOG, tüm bireylere gebelik öncesinde veya gebelik sırasında taşıyıcılık taramasını önermektedir.

Aşağıdaki üç hastalığın tüm hastalar için taranması önerilmektedir.

• Kistik fibrozis (CF): Her 45 kişiden 1’i taşıyıcı
• Spinal musküler atrofi (SMA): Her 50 kişiden 1’i taşıyıcı
• Hemoglobinopatiler: Her 49 kisiden 1’i tasıyıcı

 

Toplumlarda taşıyıcılık oldukça yaygındır ve aile öyküsü bir ön belirteç değildir.

 

 

Yenidoğan taraması tek başına yeterli değildir.

Çok geç alınan sonuçlar tanı ve tedaviyi geciktirebilir.5,6
Tarama için doğum sonrasına kadar beklenmesi, yeni ebeveynlere planlama için yeterli zaman tanımamaktadır.

 

 

 

Horizon Taşıyıcılık Taraması Testi, kapsamlı ve eyleme dönüştürülebilir bilgiler sunar.

Özenle tasarlanmış paneller ile 274 farklı genetik hastalık ve sendrom için tarama yapılabilir.

Tüm paneller, ciddi ve klinik olarak önlenebilir durumları içerecek şekilde özenle tasarlanmıştır ve genişletilmiş taşıyıcı taramasına ilişkin 2015 ACMG/ACOG/NSGC/PQF/SMFM ortak bildirisine uygundur.7,8

Horizon, risk altındaki sessiz SMA taşıyıcılarını tespit etme konusunda geleneksel taramanın ötesine geçiyor.

Geleneksel SMA taramaları yalnızca sağlıklı SMN1 kopyalarının toplam sayısını hesaplar.11 Bununla birlikte, ACOG’un belirttiği gibi, sessiz taşıyıcılarda iki sağlıklı SMN1 kopyası bulunmakla birlikte kopyaların ikisi de aynı kromozomdadır.12

Geleneksel SMA taramasından farklı olarak Horizon, aynı kromozom üzerinde iki sağlıklı SMN1 kopyasının bulunmasıyla ilişkilendirilen bir “tek nükleotid polimorfizmini” (SNP) inceler. Horizon, kopya sayısına ilave olarak bu SNP’i de analiz ederek, artmış sessiz taşıyıcı olma riskini de tarayabilir.

 

Geleneksel testler pek çok CF taşıyıcısını gözden kaçırmaktadır.

Horizon Taşıyıcılık Taraması Testi, CFTR genindeki ekzonların tamamını dizilemektedir. Buna karşılık, geleneksel CF taramaları daha az varyantı hedefleyen bir analiz kullanır; bu da CF’ye neden olduğu bilinen varyantların çoğunu gözden kaçıracakları anlamına gelir.4

Horizon, hemoglobinopatilere yönelik kan testlerini tamamlamaktadır.

Tek basına kan sayımı ve elektroforez testi, Horizon tarafından tespit edilen alfa hemoglobinopati sessiz taşıyıcılarının %90’ını ve beta hemoglobinopati sessiz taşıyıcılarının %6’sını gözden kaçırabilir. Horizon gibi DNA tabanlı bir taramanın eklenmesi, net varyantı tanımlayarak hızlı ve kapsamlı hemoglobinopati sonuçları sunar. Horizon sonuçları, doğum öncesi doğrulayıcı tanıyı veya PGT’yi desteklemektedir.4

Horizon, rutin taramalardan daha doğru bir Frajil X risk değerlendirmesi sağlar.

Geleneksel taramalar yalnızca CGG tekrarlarının sayısını bildirirken, Horizon CGG tekrarları içindeki AGG kesintilerini de analiz eder.

Sizi ve hastalarınızı desteklemeye yönelik basit ve özelleştirilmiş kaynaklar:

 

Referanslar:

  1. Bulaklak and Gersbach. Nat Commun. 2020:11, 5820.
  2. American College of Obstetricians and Gynecologists, Committee Opinion # 690, March 2017.
  3. Archibald et al. Genet Med. 2018;20:513-523.
  4. Westemeyer et al. Genet Med. 2020;22(8):1320-28.
  5. https://www.babysfirsttest.org/. Accessed April 2020.
  6. Wilcken. N Engl J Med. 2008;358(6):647.
  7. Joint statement was a collaboration with the American College of Medical Genetics (ACMG), the American College of Obstetricians and Gynecologists (ACOG), the National Society of Genetic Counselors (NSGC), the Perinatal Quality Foundation (PQF), and the Society for Maternal-Fetal Medicine (SMFM).
  8. Edwards et al. Obstet Gynecol. 2015;125(3):653–62.
  9. Horizon 14 includes Horizon 4 and the following conditions: alpha-thalassemia, beta-hemoglo binopathies, Canavan disease, familial dysautonomia, galactosemia, Gaucher disease, medium chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (MCAD), autosomal recessive polycystic kidney disease (PKD), Smith-Lemli-Opitz syndrome, and Tay-Sachs.
  10. Spectrum Advantage disclaimer: Spectrum PGT-M and PGT-A must be performed within one year of Horizon screening results. Shipping and batching fees apply. Promotional price good for one test run and not valid if patient chooses to file insurance. Restrictions apply. Both male and female must have completed a Horizon panel with 4 or more conditions. Prior carrier screening/genetic testing identifying positive risk for a disorder voids special pricing.
  11. McAndrew et al. Am J Hum Genet. 1997;60(6):1411-1422.
  12. American College of Obstetricians and Gynecologists, Committee Opinion # 691, March 2017.
  13. Watson et al. Genet Med. 2004;6:387–391.
  14. Nolin et al. Am J Hum Genet. 2003;72(2):454-464.

Panorama Yeni Nesil NIPT

/in

Panorama: Yapay Zeka teknolojisi sayesinde çok daha fazlasını görebilirsiniz!

SNP tabanlı tek NIPT olan Panorama daha fazla bilgi ve daha yüksek doğruluk sunmaktadır.

  • Titizlikle valide edilmiş bir NIPT’dir.
  • Anne DNA’sını bebek DNA’sından ayırt edebilen tek NIPT’dir.
  • İkizlerin tek yumurta / çift yumurta ikizi olduğunu tespit eder.
  • Gözetim altına alınmadığı takdirde şiddetli gebelik komplikasyonlarına neden olabilecek triploidinin saptanabilmesini sağlar.

 

Panorama, SNP’leri yani DNA’mızın bizi diğerlerinden farklı kılan %1’lik bölümünü değerlendirir.

Panorama NIPT Artık Yapay Zeka ile Çalışıyor

Panorama, bugüne kadar Natera tarafından çalışılmış olan 2 milyonu aşkın testten bilgi edinmek amacıyla yapay zeka kullanıyor.

 

Panorama Yapay Zeka, en büyük prospektif NIPT çalışması olan SMART ile valide edilmiştir.

 

En Yüksek Doğruluk ile Daha az “Sonuç Verememe”

NIPT alanında genel olarak doğruluğu sağlamak uğruna sıklıkla “sonuç verememe” durumu ortaya çıkmaktaydı.
Panorama Yapay Zeka, bu paradigmayı yıkarak her iki durum için de en iyisini sunmaktadır.

“Sonuç verememe” kritik bilgi sağlıyor.

SMART çalışması göstermiştir ki Panorama’da başlangıçta veya tekrar örneklerinde sonuç alınan hastalara kıyasla tekrar örnek alındıktan sonra “sonuç verilemeyen” hastaların gebelikleri çok daha yüksek oranda olumsuz sonuçlanmaktadır.

“Sonuç verememe” durumlarının klinik kullanımı 

Panorama Yapay Zeka, tekrar örneğinden sonra “sonuç verilemeyen” grubu aksiyon alınabilir yaparak bu yüksek riskli grubu daha iyi yönetilebilir hale getirmektedir.

  • Bu gruptaki gebelerin erken doğum ve preeklampsi için daha yakın takibine dikkat edilmelidir.

 

22q11.2 için eşsiz tarama

Panorama Yapay Zeka, 22q11.2 delesyonu taraması için daha yüksek doğruluk sunar.

Panorama Yapay Zeka, 0.5 Mb’lik küçük delesyonlar dahil olmak üzere pek çok 22q11.2 delesyonunu tespit edebilmektedir. Çoğu NIPT yalnızca 2.5 Mb üzerindeki büyük mikrodelesyonları tarayabilmektedir.

Klinikte Anlamlı Performans

Panorama Yapay Zeka, 22q11.2 delesyonları için daha yüksek hassasiyete ve 2 kattan fazla pozitif prediktif değere sahiptir. Söz konusu hastalık için olan prenatal/neonatal müdahaleler göz önüne alındığında, bu veriler taramanın etkisini artırmaktadır.

 

Panorama tekil gebeliklerdeki pazar lideri performansını ve klinik değerini sürdürmektedir.

Panaroma yüksek riskli ikiz gebeliklerin sınıflandırmasını uygun şekilde yapmak için eşsiz bilgiler sunar.

Zigozite, ikiz gebeliklerin uygun şekilde yönetilmesi ve ikizden ikize transfüzyon sendromu (TTTS) gibi bozuklukların izlenebilmesi için kritik öneme sahiptir:

  • Monokoriyonik ikizlerin beşte biri ultrasonla yanlış tanımlanmaktadır.28
  • Fetoskopi merkezlerine sevk edilen yanlış tanımlanmış vakaların altıda biri TTTS evre IV’e ulaşmakta ve beşte biri fetal/neonatal ölümle sonuçlanmaktadır.29
  • ACOG ve SMFM’ye göre; dizigotik ikizlerde fetal fraksiyonların birbirinden farklı olması, ikizlerden birinin öploid ve yüksek fetal fraksiyonlu olması durumunda düşük fetal fraksiyona sahip diğer ikizdeki anöploidinin tespit edilmesini zorlaştırabilir.30

 

 

Her gebelik Panorama’yı hak eder.

 

Sizi ve hastalarınızı destekleyecek kişiye özel kaynaklar:

 

Panorama tarama seçenekleri:

Referanslar

1. Dar et al. Multicenter prospective study of SNP-based cfDNA screening for aneuploidy with genetic confirmation in 18,497 pregnancies. Society of Maternal-Fetal Medicine, SMFM. Virtual Meeting. Oral Presentation. Jan 25-30, 2021
2. Pergament et al. Obstet Gynecol. 2014 Aug; 124(2 Pt 1):210-8
3. Nicolaides et al. Prenat Diagn. 2013 June; 33(6):575-9
4. Ryan et al. Fetal Diagn Ther. 2016;40(3):219-223
5. Dar et al. Multicenter prospective study of SNP-based cfDNA for 22q11.2 deletion in 18,290 pregnancies with genetic confirmation. Society of Maternal-Fetal Medicine, SMFM. Virtual Meeting. Oral Presentation. Jan 25-30, 2021
6. Norton et al. Perinatal and genetic outcomes associated with no call cfDNA results in 18,497 pregnancies. Society of Maternal-Fetal Medicine, SMFM. Virtual Meeting. Oral Presentation. Jan 25-30, 2021
7. Norwitz et al. J Clin Med. 2019 Jun; 8:937
8. Hedriana H et al. Prenat Diagn. 2020 Jan;40(2):179-184

9. Nicolaides et al. Fetal Diagn Ther. 2014;35(3):212-7
10. McKanna T et al. Ultrasound Obstet Gynecol. 2019;53(1): 73–79
11. Martin KA et al. Am J Obstet Gynecol. MFM 2020;2:100152
12. DiNonno W. et al. J Clin Med. 2019 Aug; 8,1311
13. Natera internal data on file
14. Stokowski et al. Prenat Diagn. 2015 Dec; 35(12):1243-6
15. Jones et al. Ultrasound Obstet Gynecol. 2018 Feb;51(2): 275-276
16. Hooks et al. Prenat Diagn. 2014;34(5):496-499
17. Schmid et al. Fetal Diagn Ther. 2017, DOI:
10.1159/000484317
18. Palomaki et al. Genet Med. 2011 Nov; 13(11):913-20
19. Palomaki et al. Genet Med. 2012 Mar; 14(3):296-305
20. Porreco et al. Am J Obstet Gynecol. 2014;211:365.e1-12
21. Mazloom et. al. Prenat Diagn. 2013 Jun;33(6):591-7
22. Tynan et al. Society for Maternal-Fetal Medicine, SMFM. Las Vegas, Nevada. Jan 23-28, 2017
23. Sehnert et al. Clin Chem. 2011 Jun;57(7):1042–1049

24. Bianchi et al. Obstet Gynecol. 2012 May; 119(5):890-901
25. Bianchi et al. N Engl J Med. 2014;370:799-808
26. Verinata white paper. Analytical validation of the Verifi prenatal test. 2012
27. Commercial protocol not validated; Illumina marketing materials cite “Srinivasan et al. Am J Hum Genet. 2013 Feb 7; 92(2): 167–176” which does not match number of reads used in commercial testing
28. Blumenfeld et al. J Ultrasound Med. 2014 Dec;33(12):2187-92
29. Baud et al. Ultrasound Obstet Gynecol. 2014; 44: 205–209
30. ACOG Practice Bulletin 226. Obstet Gynecol. 2020 Oct;136(4):859-867.
31. Myriad Women’s Health website accessed Oct 23 2019
32. Progenity Innatal Clinician Guide.

 

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri

/in

Meme/over kanseri dünyada en sık rastlanan kanser türleri arasında yer almaktadır. Toplum genelinde, kadınların yaklaşık %12 kadarının meme kanserine yakalanacağı öngörülmektedir. Meme ve/veya over kanserine kalıtsal yatkınlık ile ilgili olduğu bulunan pek çok gen tespit edilmiştir. Bu genler arasında yer alan BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki mutasyonların, meme/over kanseri geliştirme riskini %50-85 kadar arttırdığı bildirilmiştir.

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

 

MEME KANSERİ

Kadınlarda teşhis edilen kanserlerin %25’ini meme kanseri vakaları oluşturur. Tüm meme kanserlerinin %5-10’unun kalıtımsal olduğu ve BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki mutasyonların da meme kanseri riskini en çok arttıran mutasyonlar olduğu gösterilmiştir. BRCA genlerindeki mutasyonlar, sadece hastanın genetik yatkınlığının göstergesidir. Yaşam tarzının ve çevresel etkenlerin de önemli bir rolü olduğu unutulmamalıdır. Dolayısıyla, BRCA1 ve BRCA2 mutasyonu tespit edilmiş bir kişide, meme veya over kanserinin ya da başka bir kanser türünün mutlaka ortaya çıkacağını ifade etmek hatalı bir yaklaşım olacaktır. Buna karşılık, mutasyon taşımayan bir kişide sporadik olarak meme kanseri gelişebilir.

BRCA1 ve BRCA2 GENLERİNİN ROLÜ

DNA hasarını tamir etmekle görevli olan BRCA1 ve BRCA2 genleri, tümör baskılayıcı genlerdir. Mutasyona uğradıklarında işlevlerini kaybederler ve doğal fonksiyonlarının tam aksi yönünde kanser oluşumuna sebep olan bir faktör haline gelirler. BRCA1 ve BRCA2 genlerinde, toplam 2600’den fazla mutasyon tanımlanmıştır. Bu mutasyonlar otozomal dominant şekilde kalıtılırlar ve yüksek derecede penetrans gösterirler. BRCA1 ve BRCA2 mutasyonu taşıyıcılarının toplumlardaki genel sıklığı yaklaşık 1/500 – 1/1000’dir.

BRCA1 veya BRCA2 geninde kalıtımsal bir mutasyon taşımak, meme, over ve bazı diğer kanserlerin oluşma riskini, hem kadınlarda hem de erkeklerde önemli derecede arttırmaktadır. (Tablo 1)

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

HANGİ VAKALAR İÇİN GENETİK TEST DÜŞÜNÜLMELİDİR?

Eğer hastanın kendisinin veya ailesinin hikayesi aşağıdaki bulgulardan herhangi birini içeriyor ise genetik test düşünülür:

•50 yaşından erken meme kanseri

•Herhangi bir yaştaki over kanseri

•Çok odaklı meme kanseri

•Erkekte meme kanseri

•Triple negatif (östrojen reseptörü negatif, progesteron reseptörü negatif, HER2/Neu negatif) meme kanseri

•Aynı bireyde veya ailenin aynı tarafında pankreas kanseri ile birlikte meme veya over kanseri

•Birisi 50 yaşından genç olmak üzere 2 veya daha fazla akrabada meme kanseri

•Herhangi yaştaki 3 veya daha fazla akrabada meme kanseri

•Ailede daha önceden tanımlanmış mutasyon

Detaylı ve hatasız bir aile hikayesinin çıkarılması, kişinin katılımsal meme veya over kanseri riskinin belirlenmesinde çok büyük önem taşır. Kanseri erken teşhis edebilmek için atılacak her adımla, hastanın önleyici tedbirlere ve proaktif tedavilere ulaşması sağlanmış olacaktır. Sonuç olarak hastalığın daha iyi prognoz göstermesini sağlamak mümkün olacaktır.

(Risk kriterlerini açıklayan daha detaylı bilgiye “NCCN Clinical Practice Guidelines For Breast Cancer” ve benzeri kaynaklardan ulaşılabilir.)

1. Kalıtımsal meme/over kanseri için orta derece risk taşıyan vaka örneği:

 

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

Ailenin aynı tarafında, 70 yaşından erken kansere yakalanmış, iki tane 1. ve 2. dereceden akraba bulunmaktadır.

2. Katılımsal meme/over kanseri için yüksek derece risk taşıyan vaka örneği:

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

 

 

Ailede 1. ve 2. Dereceden bilateral meme kanseri olan (biri 50 yaşından önce) ve over kanseri olan akrabalar bulunmaktadır.

BRCA1 ve BRCA2 GENETİK ANALİZLERİ

1) BRCA1 ve BRCA2 Tüm Gen Dizilemesi

Aile hikayesinin ve/veya klinik tablonun katılımsal meme/over kanseri riskini işaret ettiği vakalarda, BRCA1 ve BRCA2 genlerinde Tüm Gen Dizilemesi yapılmaktadır. Yapılan dizi analizi sonucunda bir mutasyon tespit edilmesi halinde, hastanın ailesindeki diğer bireylere de bu ailesel mutasyon için test yapılması önerilir.

2) BRCA1 ve BRCA2 Delesyon/Duplikasyon Testi

Bazı durumlarda mutasyonlar, az sayıdaki DNA bazlarında değil, genin bir bölgesinin tamamının delesyonu veya duplikasyonu şeklinde ortaya çıkabilir. Bu tip büyük delesyon/duplikasyon mutasyonlarının BRCA1 ve BRCA2 genlerinde oldukça sıklıkla meydana geldiği görülmüştür. Ancak bu tür mutasyonlar, Tüm Gen Dizilemesi ile net olarak tespit edilemez. Bu mutasyonların analizi için MLPA yöntemi ile Delesyon/Duplikasyon Testi yapılması gerekir.

3) Meme/Over Kanseri ile İlişkili Diğer Genlerin İncelenmesi

BRCA 1 ve BRCA 2 dışında meme ve/veya over kanseri geliştirme riski ile bağlantılı oldukları saptanan başka genlerinde sayısı giderek artmaktadır. Diğer genlerdeki kalıtımsal mutasyonlar sadece meme ve /veya over kanserlerinin değil, aynı zamanda melanoma, kolon, pankreas ve prostat gibi başka kanserlerin riskinide arttırmaktadır. BRCA1 ve BRCA2 genlerinde yapılan testlerde mutasyon bulunmayan, fakat meme ve/veya over kanseri açısından kuvvetli bir aile hikayesine sahip olan kadınlar için Yeni Nesil Dizileme (Next Generation Sequencing – NGS) yöntemiyle yapılan paneller önerilebilir. Bu panellerde, meme ve/veya over kanseri ile ilgisi bulunmuş diğer yatkınlık genleri taranmaktadır. NGS yöntemi ile yapılan bu geniş kapsamlı dizilemeler sonucunda eğer mutasyon tespit edilirse, elde edilen bulguların Sanger Dizileme Yöntemi ile doğrulanması tavsiye edilir.

 

BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri - 14.11.2019 - BİLİMSEL BÜLTENLER - Biruni Laboratuvarı - 0850 241 77 88

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Bağırsak Mikrobiyom Analizlerinde Moleküler Genetik Yöntemler

/in

“İnsan Mikrobiyom Projesi” (Human Microbiome Project) ile insan sağlığında çok önemli bir rolü olan mikrobiyal flora detaylı olarak incelenmiş ve karakterize edilmiştir. Günümüzde artık geleneksel dışkı testlerini gelişmiş moleküler genetik yöntemlerle tamamlamak ve bu sayede bağırsak mikrobiyotasının ileri analizini yapmak mümkün olabilmektedir.

Son yıllarda geliştirilen dizileme teknolojileri ile okyanuslar, atık sular, insan vücudu vb. ortamlardaki mikrobiyolojik toplulukları kapsamlı bir şekilde araştırmak mümkün olmuştur. Dünya üzerinde yaklaşık 1030 mikrobiyal hücre topluluğu olduğu tahmin edilmektedir. İnsan vücudunda ise yaklaşık 100 trilyon mikroorganizma konaklamaktadır (1). Çoğunluğunu bakterilerin oluşturduğu mantar, virüs ve protozoaları içeren bu populasyon insan hücrelerinden 1O kat fazla mikrobiyal hücre ve insan genomundan 150 kat fazla gen içerir. Bedenimizi paylaşan kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların oluşturduğu bu ekolojik topluluğa “mikrobiyota” denmektedir. “Mikrobiyom” ise bu çevrede yaşayan mikroorganizmaların toplam genomu olarak tanımlanmaktadır (2).

Bakterilerin fonksiyonları ve karakteristik özellikleri genomlarında kodlanmıştır. Günümüzde geleneksel dışkı testlerini, gelişmiş moleküler genetik analizlerle tamamlayarak, bağırsak mikrobiyotasındaki çok sayıda aerop ve anaerop bakterinin özelliklerini ve metabolik ilişkili gruplarını tanımlamak mümkün olabilmektedir (3).

“İnsan Genom Projesi”nin (Human Genome Project) devamı olan “İnsan Mikrobiyom Projesi” (Human Microbiome Project) çalışması 2007 yılında başlatılmıştır. Bu proje ile hem sağlıklı hem de hasta insanların mikrofloralarındaki mikroorganizmaların tespit edilmesi ve özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 2008 yılında insan mikrobiyomu tanımlanmış, dökümente edilmiş ve moleküler seviyede referans veritabanı oluşturulmuştur (4).

İnsan mikrobiyotası deri, genitoüriner sistem, solunum sistemi ve en çok da gastrointestinal sistemde kolonize olmuştur. Gastrointestinal sistem yaklaşık 200m² yüzey alanı ve mikroorganizmalar için zengin besin öğeleri içermesi sebebi ile vücudumuzdaki en zengin mikroorganizma topluluğunu barındırmaktadır. Mikrobiyom analizleri bağırsak florası birleşiminin sekans karşılaştırmalarının yapılmasını sağlamış, sağlıklı kişilerde olması gereken bakteri türleri belirlenmiştir (5).

E.coli, Enterococcus, Bifidobacterium ve Lactobacilli türleri bağırsak mikrobiyotasının önemli bir kısmını kapsamakta ve rutin kültür yöntemleriyle tanımlanabilmektedir. Ancak mikrobiyotada var olduğunu bildiğimiz geniş bir anaerop bakteri grubunu kültürle saptamak, oldukça zahmetli yöntemler gerektirmekte, çoğu zaman mümkün olmamaktadır. Faecalibacterium prausnitzii, Akkermansia muciniphila gibi anaerop bakteriler, konvansiyonel yöntemlerle saptanamadığı halde mikrobiyotanın en geniş populasyonunu oluşturan ve temel metabolik yeteneklerden sorumlu olan türlerdir.

Moleküler-genetik bir teknik olan DNA dizileme yöntemi ile klinik örneklerdeki bakteri genomları saptanabilir. Proses boyunca, özellikle bakterilerden gelen sinyaller kaydedilir. Elimizdeki örnekte kaç farklı bakteri genomu olduğu ise 16S rRNA sekanslamayla gösterilir. Böylece bakteriyel biyoçeşitlilik analiz edilir (3). Resim 2. de test prosedürü görülmektedir.

 

 

Resim 2 . (Keller ve ark. ) Mikrobiyom analizinde 16S rRNA dizileme yöntemi. (Dışkı örneklerinden mikrobiyom DNA’sı izole edilir ve PCR ile çoğaltılır. Daha sonra, DNA dizileme işlemi gerçekleştirilir. Elde edilen çok sayıda veri özelleşmiş bilgisayar programları aracılığıyla değerlendirilir. Gen dizilemeleri referans genomlarla karşılaştırılarak  bakteriler  doğru  olarak tanımlanır.)

“İnsan Mikrobiyom Projesi’ veri tabanına  dayanarak yapılan gastrointestinal mikrobiyom analizi 250 parametre içermektedir. Tüm doğrulanabilir türler ve  jenerik grupların sonuçları dikkate alınarak bakteri çeşitliliği belirlenir. Bakteri çeşitliliğinin çokluğu sağlıklı kişilerde endojen enfeksiyonlara karşı koruyucu kabul edilir. Ancak genellikle tekrarlayan antibiyotik kullanımı sonrası ya da çeşitli hastalıklara bağlı olarak bu çeşitlilik azalır. Bu tür durumlarda patojen bakteri, virüs, mantar gibi fırsatçı organizmalar kolayca çoğalabilir (4).

ENTEROTİP KLASİFİKASYONU

İntestinal mikrobiyom analizleri  sonucunda  insan bağırsak florasında yerleşik 3 ana enterotip belirlenmiştir. Enterotipler beslenme alışkanlıklarına bağlı değişmekle birlikte baskın olarak Bacteriodes, Prevotella ve Ruminococcus türlerinden oluşmaktadır. Tipik metabolik özelliklere göre enterotipin hangi bakteri grubunu içerdiği ayırt edilebilmektedir.

Enterotip 1 Bacteriodes,

Enterotip 2 Prevotella,

Enterotip 3 ise Ruminococcus populasyonlarının baskınlığı ile karakterizedir (6).

BAKTERİ KANTİTASYONU

Kişisel farklılıkları göstermek ve klasik kültür yöntemlerini desteklemek amacıyla kantitatif PCR yöntemi  kullanılır. Bu yöntem spesifik problar aracılığı ile kişilerin intestinal mikrobiyatasındaki bakterileri tür ve miktar olarak saptar. Böylelikle standart data verileri referans alınarak, farklılıkları belirlemek ve teropatik önlemler için bireysel tavsiyelerde bulunmak mümkün olabilir. Mikrobiyom analizinde, filum cinsi bakteriler  olan  Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Akkermansia muciniphila, nadiren Fusobacterium’ ların kompozisyonu dikkate alınır. Bu taksonomik sınıflandırmaya göre tipik klinik paternler tanımlanır. Örneğin Firmicutes/Bacteroidetes oranı artması ya da Proteobacterium’ların dominant olması çeşitli klinik farklılıklar yaratır (7).

Sık rastlanan, önemli türlerin baskınlığına bağlı olarak değişen metabolik özellikler Tablo 1. de tanımlanmıştır.

Dışkıdaki moleküler-genetik analizler intestinal mikrobiyom çeşitliliklerini saptamayı ve probiyotik ve prebiyotik tedavilerinin temellerini belirlemeyi mümkün kılmıştır. Bu yeni yöntemle intestinal mikrofloranın kişilere göre değişiklikleri saptanabilir, kişilerin ihtiyaç duyduğu özelleşmiş terapiler belirlenebilir. Crohn hastalığı, ülseratif kolit gibi intestinal inflamatuar hastalığı olanlara, ya da antibiyotiğe bağlı diare gelişen kişilere başarıyla yardımcı olabilen prebiyotik-probiyotik kombinasyonları geliştirilmiştir (8).

 

Tablo 1 . İntestinal mikrobiyotada sık rastlanan bakteriler ve değişken metabolik özellikler . *Butirik asit üreten bakteriler * *Musin üreten bakteriler

Günümüzde çok gelişmiş olan dizileme yöntemi ile kişisel intestinal mikrobiyota hakkında geniş bir moleküler genetik analiz yapılmakta, ayrıca pankreatik  elastaz,  safra  asitleri,  kalprotektin, alfa 1 antitripsin ve slgA gibi parametreler iredelenmektedir.

Sonuç olarak, kolay ve ekonomik yollarla bağırsak mikrobiyomu tayin edilebilmektedir. Kişisel bağırsak mikrobiyatasının tanımlanması ile birlikte ise kişiye özel tavsiye ve tedavi yaklaşımları mümkün olmaktadır (3, 7).

Kaynaklar:

  1. The Human Microbiome Project Consortium. A framework for human microbiome research. Natur.2012;486(7402):215-21.
  2. Turnbaugh, P.J.; Ley, R.E.; Hamady, M.; Fraser- Liggett, C.M.; Knight, R.; Gordon, J.I. (2007). “The Human Microbiome Project”. Nature 449: 804–810.
  3. Mandal, S. et al.: Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition. In: MEHD 26, S. 27663-27670, 2015
  4. The NIH HMP Working Group et al: The NIH Human Microbiome Project. In: Genome Res. 19, S.2317-2323, 2009.
  5. Bull M.J., Plummer N.T.. Part 1: The Human Gut Microbiome in Health and Disease. In: IntegrativeMedicine: A Clinician’s Journal 13(6), S. 17-22, 2014
  6. Arumugam, M. et al.: Enterotypes of the human gut microbiome. In: Nature 473(7346), S. 174-180,2011
  7. 19. Keller, P.M. et al.: 16S-rRNA-Gen-basierte Identifikation bakterieller Infektionen. BIOspektrum S.755- 759, 2010
  8. 20. Scott, K. P. et al. Manipulating the gut microbiota to maintain health and treat disease. In: Microbial Ecology in Health and Disease, 26, S. 25877-25977, 2015

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Farmakogenetik DNA Paneli

/in

İlaç seçimi, ilaç dozu, etkileşimi ve yan etki değerlendirmesinde, kişiye özel tedavi kararınızda genetik desteğiniz.

İlaçların istenilen etkinliği göstermemesi ve ilaca bağlı yan etkilerin en önemli nedeni, kullanılan ilaçların hastanın genetik yapısına uygun olmamasıdır.

İlaçların metabolizması kişiden kişiye farklılık göstermektedir. Bu durum ilaçların metabolizma yolağındaki enzimlerin, her kişide farklı genetik yapılarla düzenlenmiş olmasına bağlıdır. Aynı etken madde farklı kişilerde yavaş, hızlı veya normal metabolize edilmesine göre az, çok veya normal etkinlik göstererek her bireyde farklı tedavi sonuçlarına ve yan etkilere yol açar.

Uygulanan tüm ilaç tedavilerinde, vakaların % 40-70’inde ilaçlar yeteri kadar etkili olamamakta ve hastaların %7-10’unda ilaçların yan etkileriyle karşılaşılmaktadır. Her yıl ABD’de ilaçlara bağlı en az 2,2 milyon yan etki vakası oluşmakta ve bunların 100.000’den fazlası ölümle sonuçlanmaktadır. Bir ilacın hangi hastada etki veya yan etki oluşturacağını gösteren Farmakogenetik testlerin kullanımı yan etki vakalarını ve bunlara bağlı kayıpları azaltmaktadır.

Farmakogenetik testler bir hastanın ilaç tedavisine vereceği yanıt, toksisite ve ilaç etkileşimlerini belirlemek için yapılan DNA analizleridir. Kişiye özel tedavi uygulamasına olanak sağlar.

Amerika Birleşik Devletleri’nde sağlık otoritesi FDA  ve Avrupa’da EMA  en sık kullanılan yüzlerce ilacın prospektüsünde  Farmakogenetik bilgi  ve özel uyarılar bulunmasını zorunlu kılmaktadır. Bu ilaçlarla tedaviye başlanırken kişinin genotipine özel doz ayarlaması, klinik yanıt varyasyonları ve  yan etki risklerinin belirlenebilmesi  için Farmakogenetik  test yapılması istenmektedir.

FARMAKOGENETİK DNA PANELİ:

• Uygun etken madde seçimi,

• Optimal dozun belirlenmesi,

• İlaç etkileşimlerinin belirlenebilmesi,

• Yan etki olasılıklarının azaltılması

• Tedaviye uyumun artırılması

sağlanarak kişiye özel tedavi planlaması ve uygulaması mümkün olur.

 

Test prosedürü kolay ve hızlıdır.

  1. Ağız içinden epitel örneği alınır. İğne ve kan örneği yoktur.
  2. Alınan örnek özel kitine yerleştirilir.
  3. Güvenlik barkodları ile korumaya alınır ve uygun şartlarda laboratuvara iletilir.
  4. Genetik konsültasyon içeren sonuç kısa bir sürede gönderilir.

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Klinik Ekzom

/in

Bilinen tüm klinik fenotiplerle ilişkili genler hedefimizde

Klinik Ekzom testi, bilinen klinik fenotiplerle ilişkilendirilmiş bütün genlerin kodlayıcı bölgelerine odaklanır. Böylelikle ek maliyetleri azaltır ve genlerin hastalıklarla ilişkili olmayan bölgelerinin dizilenmesiyle ortaya çıkabilecek belirsiz sonuçlara engel olur.

Mevcut en geniş kapsamlı NGS (Yeni Nesil Dizileme) Paneli olan Klinik Ekzom testinin içeriğinde 3200’den fazla hastalık bulunmaktadır. OMIM ve HGMD’de net olarak genotip–fenotip ilişkisi ortaya konmuş hastalıkları hedefler.

Klinik Ekzom içeriğindeki yaklaşık 6700 gen, özel tasarlanmış problar sayesinde güçlü bir performans ile kısa sürede dizilenmektedir. Dizilenenler arasındaki yaklaşık 4000 genin kodlayıcı bölgeleri %100 oranında kapsanmaktadır.

Geniş kapsamlı klinik bilgi imkanı

Yoğun içerik

  • Klinik fenotiplerle ilgili bilinen tüm genler hedeflenir
  • Herhangi bir kırpılma hatasını saptayabilmek üzere +/- 10bp intron bölgeleri değerlendirilir

Esnek test seçenekleri

  • Solo veya trio olarak uygulanabilir
  • Prenatal tanı mümkündür
  • Kardeşler teste eklenebilir

En iyi panel özellikleri

  • Hedeflenen bazların %95’i > 20X kapsanır
  • Yaklaşık bir ayda sonuçlandırılır
  • Raporlanan tüm mutasyonlar Sanger dizileme ile doğrulanır

Yüksek yetkinlik

  • En ileri biyoinformatik süreçler
  • Klinik verinin ayrıntılı değerlendirmesi
  • Açık klinik tanı raporu
  • Negatif vakalarda ayırıcı tanıya dair tavsiyeler

Az örnek gereksinimi

  • 1 ml EDTA tam kan
  • 1µg saflaştırılmış DNA

Klinik ekzom testi kapsamındaki hastalıklar

Klinik ekzom testinden kimler faydalanabilir?

  • Klinikle ilişkili genleri daha derinden incelemeyi isteyen hekimler
  • Tanımlanamamış fenotipi olan hastalar
  • Fenotipik heterojeniteyle karşı karşıya olan ve tüm ekzom testi için imkanı olmayan hekimler
  • Tanımlanmış fenotipi olup hastalığa özgü pahalı NGS paneller yerine uygun bir seçenek arayan hastalar

Farklı testlerden elde edilecek verilerin karşılaştırması

Hızlı iş akışı ile tanıda yüksek kesinlik

 

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Trombofili Taraması

/in

Trombofili, kanda pıhtılaşma eğiliminin arttığı, dolayısı ile Venöz Tromboemboli (VTE) riskinin yüksek olduğu durumları tanımlamak için kullanılan bir terimdir. Günümüzde VTE Batı ülkelerinin genel nüfusunda her yıl yaklaşık 1000’de 1-2 bireyi etkileyen ciddi bir sağlık problemidir (1,2). Çok sayıda edinsel (Tablo 1) ve kalıtsal faktörün (Tablo 2) değişik mekanizmalarla tromboz oluşumuna neden olduğu bilinmektedir (3,4). Arteriyel sistemde endotel hasarının ve trombositlerin fonksiyonel bozukluklarının önemli rol oynadığı, venöz sistemde ise daha çok staz ve pıhtılaşma sistemine ait bozuklukların tromboz gelişimine neden olduğu bilinmektedir (5).

Kalıtsal trombofili nedenlerini genetik olarak taşıyan bireylerde tromboz riski artmakla birlikte, yaşamları boyunca hiçbir trombotik atak geçirmemeleri de mümkündür. Bu kişilerde tekrarlayan trombotik ataklar arasında uzun süren asemptomatik dönemler de olabilmektedir. Bu durum, tek başına kalıtsal nedenlerin yeterli olmadığını, tromboz gelişiminde bazı edinsel faktörlerin katkısı olduğunu göstermektedir. (6,7).

 

 

Tablo 1. Edinsel trombofili nedenleri

 

Tablo 2. Kalıtsal trombofili nedenleri ve sıklıkları

Son yirmi yıl boyunca trombofili etyolojisi hakkındaki bilgilerimiz önemli ölçüde artmış ve çeşitli kalıtsal ve edinsel risk faktörleri keşfedilmiştir. Bu durum trombofilinin geniş çapta laboratuvar incelemesine olanak tanımıştır. Trombofilinin laboratuvar incelemesi, APCR, Faktör V Leiden mutasyonu, Protrombin G20210A mutasyonu, fizyolojik antikoagülanlar olan Antitrombin, Protein C ve Protein S eksiklikleri, Antifosfolipid antikorlarının varlığı ve artmış plazma Homosistein düzeylerinin araştırılması suretiyle venöz tromboembolizmin kalıtsal veya edinsel sebeplerini tesbit etmeyi amaçlar(3). Faktör V Leiden mutasyonunun coğrafi dağılımı değişik olup, ülkemizde görülme oranı %7-10’dur.

Kalıtsal trombofili taranması önerilen özellikli hasta grubu:

1- İlk VTE atağını 40 yaş altında geçiren kişiler (8,9,10)

2- Ailesinde tromboembolizm öyküsü olan kişiler

3- Tekrarlayan VTE öyküsü olan hastalar

4- Portal, mezenterik, splenik, hepatik, renal veya serebral venler gibi beklenmedik bölgelerde

tromboz meydana gelmiş kişiler (9,11)

5- Purpura fulminans ile başvuran çocuklar

6- Venöz tromboz riski taşıyan gebeler

7- Warfarine bağlı deri nekrozu öyküsü olanlar

8- Neonatal tromboz öyküsü olan hastalar (3,4)

Protein C ve Protein S testleri trombozun akut döneminde yapıldığında yanlışlıkla düşük bulunabilir. Heparin tedavisi altındaki hastalarda da antitrombin düşük bulunacaktır.

Faktör V Leiden, Protrombin G20210A mutasyonu moleküler inceleme testleridir. APC direnci moleküler bir inceleme olmayıp çabuk sonuçlanan koagülasyon testine dayalı bir incelemedir. APC direncinin <0,86 olduğu hastalarda öncelikle Faktör V Leiden mutasyonu düşünülmelidir.

Yapılan tahlilleri klinikle ilişkilendirebilmek ve sonuçların yanlış yorumlanmasını önleyebilmek için trombofilinin laboratuvar incelemesinde tahlil yapılacak hasta, yapılacak tahliller, tahlil zamanı ve tahlil yöntemi özenle seçilmelidir.

KAYNAKLAR:

1. Heit JA. Venous thromboembolism: disease burden, outcomes and risk factors. J Thromb Haemost 2005; 3: 1611–17.

2. Bronic A. Thromboembolic diseases as biological and clinical syndrome – role of the Mediterranean League against Thromboembolic Diseases. Biochem Med 2010; 20: 9–12.

3. Margetic S. Laboratory investigation of trombophilia. J Med Biochem 33: 28-46, 2014.

4. Türk Hematoloji Derneği Kalıtsal Trombofili Tanı ve Tedavi Kılavuzu.

5. Rosendaal FR: Venous thrombosis: a multicausal disease. Lancet 353: 1167, 1999.

6. Lane DA, Manucci PM, Bauer KA.: Inherited thrombophilia: Part-1. Thromb Haemost 76: 651, 1996.

7. Makris M, Rosendaal FR, Preston FE: Familial thrombophilia: Genetic risk factors and management. J Int Med 242: 9, 1997.

8. Carraro P. European Communities Confederation of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (EC4) Working Group on Guidelines for Investigation of Disease. Guidelines for the laboratory investigation of inherited thrombophilias. Recommendations for the first level clinical laboratories. Clin Chem Lab Med 2003; 41: 382–91.

9. Nicolaides AN, Breddin HK, Carpenter P, Coccheri S, Conard J, De Stefano V, et al. European Genetics Foundation Cardiovascular Disease Educational and Research Trust International Union of Angiology Mediterranean League on Thromboembolism. Thrombophilia and venous thromboembolism. International consensus statement. Guidelines according to scientific evidence. Int Angiol 2005; 24: 1–26.

10. Baglin T, Gray E, Greaves M, Hunt BJ, Keeling D, Machin S, et al. Clinical guidelines for testing for heritable thrombophilia. Br J Haematol 2010; 149: 209–20.

11. College of American Pathologists Consensus Conference XXXVI: Diagnostic issues in thrombophilia. Arch Pathol Lab Med 2002; 126: 1277–433.

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Mody Paneli

/in

MODY (Maturity-Onset Diabetes of Young); genç başlayan (genellikle < 25 yaş), insüline bağımlı olmayan ve klinik olarak heterojen bir diyabet tipidir. Monogenik bir hastalık olan MODY, çoğunlukla otozomal dominant kalıtım gösterir ve tüm diyabet olgularının yaklaşık %2-3’ünü oluşturur. Genetik heterojenite de gösteren MODY’i Tip 1 ve 2 Diabetes Mellitus’tan (DM) ayırt etmek zor olabilmektedir. Birçok toplumda Tip 2 DM tanısı alan hastaların %5’lik bir kısmının MODY olduğu öngörülmektedir. Örneğin İngiltere’de MODY vakalarının %80’den fazlasının Tip 1 veya 2 DM olarak yanlış teşhis edildiği gösterilmiştir. MODY’nin DM’den farklı olan belirgin özellikleri; Tip 1 DM’de sıklıkla tespit edilen otoantikorların ve Tip 2 DM’de genellikle görülen obezitenin bulunmamasıdır. MODY’nin tedavisinin genetik etiyolojiye göre değişiyor olması, seyrek görülen bu hastalığın klinik önemini arttırmaktadır.

  • MODY Temel Panel hastalık ile ilişkilendirilmiş HNF1A, HNF1B, HNF4A ve GCK genlerinin dizilenmesini içerir.
  • MODY Genişletilmiş Panel kapsamında ise temel paneldeki genlere ek olarak ABCC8, INS, KCNJ11, PDX1, NEUROD1, KLF11, CEL, PAX4 ve BLK genleri yer almaktadır.
  • MODY panellerinde, belirtilen genlere ait tüm kodlayan ekzonik bölgeler yeni nesil dizileme ile taranır ve ortaya çıkan varyasyonların biyoinformatik analizleri yapılır. Ortalama hizmet süresi 4-6 haftadır.

 

Gençlerde görülen ve erişkin başlangıçlı diyabet gibi seyreden MODY şüphesi olan hastaların genellikle:

  • Yaşları genç olur (diyabet başlangıç yaşı <25)
  • Ailelerinde iki veya daha fazla kuşakta diyabet bulunur (otozomal dominant geçişli)
  • Hiperglisemiye eşlik eden obezite veya metabolik sendrom öyküsü bulunmaz
  • İnsülin dirençleri yoktur ve pankreas rezervleri iyidir
  • Asıl sorun insülin sekresyon mekanizmasında olduğu için otoantikorları negatif bulunur
  • Kan glukoz regülasyonları için insülin tedavisi gerekmez veya düşük dozla regülasyon sağlanır

Günümüzde birçok vakada MODY tanısı atlanmış veya Tip 1 veya 2 DM olarak yanlış sınıflandırılmıştır. Tip 1 ve 2 DM tanısı ile izlenen, ancak atipik gidiş gösteren, insülin direnci saptanmayan veya sülfonilüre grubu ilaçlara aşırı duyarlılığı olan hastalarda MODY’yi düşünmek ve uygun moleküler testler ile tanıyı doğrulamak, diyabet tedavisi için anahtar rol oynamaktadır. Moleküler tanı, hastanın prognozunu etkileyecek uygun tedavinin seçimi, genetik danışma verilmesi ve risk altındaki bireylerin taranması açısından çok büyük önem taşımaktadır. Hastalığın seyri ve ek komplikasyonlar ile ilişkili risk, genellikle ilişkili gen mutasyonlarına bağlıdır. Gelişen moleküler test olanakları ile yeni genler tanımlandıkça, MODY sınıfının giderek genişleyeceği düşünülmektedir. MODY tanısı için, genetik test genellikle sadece klasik özelliklere sahip olanlarda yapılmaktadır. Bununla birlikte, genetik olarak MODY tanısı konan hastaların sadece %50’si klasik kriterleri karşılamaktadır.

MODY (OMIM: 606391) hastalarının %80-85’lik bir kısmında HNF1A, HNF1B, HNF4A ve GCK genlerinden birinde mutasyonlar görülmektedir. Diğer genlerdeki mutasyonlar (NEUROD1, KLF11, CEL, PAX4, PDX1, INS, BLK, KCNJ11 ve APPL1) ise MODYhastalarının %15-20’lik kısmında görülmektedir. Ek olarak, ABCC8 genindeki mutasyonların da MODY kriterlerini karşıladığı gösterilmiştir.

HNF1A ve HNF4A mutasyonları olan hastalar, yavaş ilerleyen beta-hücre işlev bozukluğuna sahiptirler. Düşük doz sülfonilüre ile tedavi, insülin veya diğer tedavilere kıyasla stabil glisemik kontrol ve yaşam kalitesinde iyileşme ile sonuçlanmaktadır. HNF1Agenindeki mutasyonlar, MODY olgularının yaklaşık %20-50’sini oluşturan MODY3’e neden olur. MODY3 ile ilişkili fenotip, hastalarda normal kan glikoz seviyelerinden yüksek seviyelere kadar değişkenlik göstermektedir. MODY3 hastaları, erken yaşta beta hücre yetmezliği ve ilerleyici hiperglisemi veya ergenlik döneminde mikrovasküler ve makrovasküler komplikasyon riski altındadırlar. Hiperglisemik kontrol sülfonilüre tedavisi ile uzun yıllar sürdürülebilir, ancak MODY3’lü bireyler genellikle insülin tedavisine ihtiyaç duyabilirler. HNF4A genindeki mutasyonlar, MODY olgularının yaklaşık %5’ini oluşturan MODY1’e neden olur ve MODY3’e benzer bir seyir gösterir.

PDX1 genindeki heterozigot mutasyonlar ise MODY4’e neden olur. MODY2, MODY olgularının %20-50’sini oluşturan GCK genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkar. MODY2 hastaları tipik olarak, hafif-orta derecede açlık hiperglisemisine sahiptirler ve genellikle asemptomatiktirler. MODY2’ye sahip bireylerin çoğunluğu tek başına diyetle kontrol altına alınır ve nadiren ilaç tedavisine ihtiyaç duyulmaktadır. GCK-MODY, tipik olarak HbA1c <%7 (53 mmol/mol) ile birlikte hafif ve ilerleyici olmayan hiperglisemi gösteren bir fenotipe sahiptir. Diğer tiplerdeki artmış mikrovasküler ve makrovasküler komplikasyonlar ile ilişkili değildir. Tedavi genellikle HbA1c düzeyini değiştirmez. GCK-MODY’nin moleküler tanısı, farmakolojik tedavinin kesilmesine ve gerekli tıbbi gözetim sıklığının azalmasına olanak tanır.

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

Periyodik Ateşli Hastalıklar

/in

Ateşli Hastalıklar Temel Panel, yeni nesil dizileme sisteminde MEFV, MVK, TNFRSF1A ve NLRP3 genlerinin tüm kodlayan ekzonik bölgelerinin taranmasını içerir.

Ateşli Hastalıklar Genişletilmiş Panel’de ise ek olarak LPIN2, IL1RN, NLRP12, NOD2 ve PSTPIP1 genleri yer almaktadır. Genişletilmiş Panel ile, klinik olarak periyodik ateş bulgusu bulunan ancak temel panel ile saptanamayan mutasyonların tespiti hedeflenir.

Periyodik Ateş Sendromları (PAS), tekrarlayan ateş atakları ve serozal enflamasyon ile karakterize otoinflamatuar hastalıklar grubudur. Bu gruptaki hastalıklardan bazıları arasında; Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF), Tümör Nekroz Faktör Reseptörü İle İlişkili Periyodik Sendrom (tRAPs), Hiper-IgD Sendromu (HıDs), Mevalonik Asidüri (MVA), Kriyopirin İlişkili Periyodik Sendrom (CAPs), Ailesel Soğuk Otoenflamatuar Sendrom (FCAs), Kronik İnfantil Nörolojik Kutanöz Artiküler Sendrom (CıNCA) ve Muckle-Wells Sendromu (MWs) yer alır. Tedavi edilmeyen PAS; malabsorbsiyon, böbrek yetmezliği, infertilite ve büyüme geriliği gibi ciddi komplikasyonlara neden olabilir. Bu nedenle doğru tanı konması kritik öneme sahiptir. Her PAS’nin kendine özgü bulguları da olmasına rağmen; genel olarak hastaların karın, göğüs, deri ve kas-iskelet sistemlerinde enflamatuar semptomlar gözlenir. Atak süresi ve sıklığı, döküntü tipi, santral sinir sistemi tutulumu (örneğin CAPs’de sıklıkla görülür) ve plevral efüzyon (FMFve tRAPs’de sık görülmesine rağmen HıDs veya CAPs’de nadiren rastlanılır) gibi bazı klinik bulgular ayırt etmeye yardımcı olabilir. Bununla birlikte, belirtilerin yoğunluğu ve yerleşimi hastalar arasında değişkenlik gösterdiği için klinikte kesin tanının konması genellikle zordur. Ayrıca, PAS’nin özgün olmayan bazı belirtileri; enfeksiyonlar, akut apandisit, kolesistit ve artrit gibi birçok yaygın hastalığı da taklit edebilir. Bunun sonucunda ise, doğru tanının konması uzun yıllar gecikebilir veya hasta yanlış tanıya hatta gereksiz operasyonlara maruz kalabilir. PAS’nin moleküler genetik analizi sayesinde, erken ve doğru tanı konularak gereken tedavi uygulanabilir ve böylelikle hastaların yaşam kaliteleri arttırılabilir. Çoğunluğu monogenik kalıtsal hastalıklar olan PAS’den sorumlu olduğu bilinen genlerde 900’den fazla varyant rapor edilmiştir. Bunların %93’nün tek nükleotid varyantı olması nedeniyle, yüksek kaliteli Yeni Nesil Dizileme (NGs) analizleri bu hastalık grubu için ideal bir tanı aracıdır. PAS’nin NGS yöntemleri kullanılarak yapılan moleküler genetik analizi, klinik tanıyı desteklemek için uygun ve güvenilir bir yol olarak kabul edilmektedir.

TESTE AİT BİLGİLER

Ateşli Hastalıklar Paneli ile yeni nesil dizileme sisteminde, temel paneldeki 4 gene ait ve genişletilmiş paneldeki 9 gene ait tüm kodlayan ekzonik bölgeler taranarak ortaya çıkan varyasyonların analizi yapılır. Bireyden alınan kan örneği EDTA’lı (mor kapak) tüplerde laboratuvarımıza ulaştırıldıktan sonra genomik DNA izolasyonu yapılır. Ardından PCR teknolojisi ile hedef bölgeler çoğaltılarak numune yeni nesil dizileme sistemine (NGS) hazır hale getirilir. Dizilenen bölge yoğun bir biyoinformatik analiz sürecinden geçirilerek mutasyonlar ortaya çıkarılır ve rapor oluşturulur. Ortalama hizmet süresi 4-6 haftadır.

HASTALIKLAR İLE İLGİLİ GENEL BİLGİLER

FMF;otozomal resesif kalıtım gösterir ve periton, sinovyum veya plevrada tekrarlayan ateş ve inflamasyona eşlik eden ağrılar ile karakterizedir. Ayrıca FMFhastalarında amiloidoz gelişimi de görülür (French FMF Consortium, 1997). Hastalarda ilkFMF epizodunun yaklaşık %90’lık bir oranla çocukluk veya ergenlik döneminde gözlendiği bilinmekle birlikte, yetişkin bireylerde de (20 yaş ve üzeri) ilk epizodun gerçekleştiği görülmüştür (Tamir N, et al. 1999; Sayarlioglu M, et al. 2005). Türk toplumunda FMF taşıyıcılığı %20 olarak belirlenmiştir (Chae JJ, et al. 2003). Bu durum, ülkemizde FMFtaramalarının ciddi bir öneme sahip olduğunu kanıtlamaktadır. Yapılan çalışmalarda,FMFtanısı konulan hastaların %70-80’lik bölümünde MEFV genine ait mutasyonlar saptanmıştır (Aksentijevich et al. 1999). HıDsve MVA; MVKgenindeki homozigot veya birleşik heterozigot mutasyonlar ile tanımlanan bozukluklardır. Mevalonat kinaz eksikliği biyokimyasal bulguları ile HıDs veya MVAşüphesi bulunan vakaların yaklaşık %95’inde MVKgeninde mutasyonlar tespit edilmiştir (Mandey et al. 2006; Bader-Meunier et al. 2010).Her iki hastalıkta da ateş, eklem ağrısı, deri lezyonları, ağız ülseri ve ishal ile karakterize olup vakaların büyük bir kısmında IgD seviyeleri yüksektir (Drenth JP, van der Meer JW 2001). tRAPs; tNFRsF1Agenindeki mutasyonlar ile bağlantılı, otozomal resesif geçişli bir hastalıktır. tRAPsvakalarının %40-50’sinin ailesel olarak, %5’inin ise sporadik olarak tNFRsF1Agenindeki mutasyonlar ile ilişkili olduğu ortaya çıkarılmıştır (Aksetijevich et al. 2001; Dode et al. 2002). Bireylerde yüksek ateş, döküntü, karın ağrısı, eklem-kas ağrıları karakterizedir (Rezaei N, 2006) ve en önemli farklı yanı da orbita çevresinde ödem, kızarıklık ve konjunktivitin eşlik etmesidir. FCAs1, CıNCAve MWs, CAPs’ın alt grupları olarak bilinmektedir. Bu grup hastalıklar, erken bebeklik dönemlerinde başlar ve ortak olarak döküntü, ateş ve ağrı görülür. Hastalığın şiddeti, alt grubuna ve hastaya göre değişkenlik gösterebilir (National Library of Medicine MeSH:D056587, 2017). lRP3genindeki mutasyonlar ise FCAstanısı konulan hastaların yaklaşık %85’inde ve CıNCAtanısı konulan hastaların yaklaşık %60’ında tespit edilmiştir (Aksentijevich et al. 2007; Aksentijevich et al. 2002). Ayrıca MWs sendromunun da genetik olarak NlRP3geni ile ilişkili olduğu gösterilmiştir (Hoffman et al. 2001). lPıN2geni Majeed sendromu, ıl1RNgeni İnterlökin-1 Reseptör Antagonist Bozukluğu (DıRA), NlRP12geni Ailesel Soğuk Otoenflamatuvar Sendrom 2 (FCAs2), NOD2geni Blau sendromu ve PstPıP1geni Piyojenik Artrit, Piyoderma Gangrenozum ve Akne Sendromu (PAPA) ile ilişkilendirilmiştir (De Jesus AA, Goldbach-Mansky R 2013; Jeru et al. 2008).

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.