Klinik Ekzom

/in

Bilinen tüm klinik fenotiplerle ilişkili genler hedefimizde

Klinik Ekzom testi, bilinen klinik fenotiplerle ilişkilendirilmiş bütün genlerin kodlayıcı bölgelerine odaklanır. Böylelikle ek maliyetleri azaltır ve genlerin hastalıklarla ilişkili olmayan bölgelerinin dizilenmesiyle ortaya çıkabilecek belirsiz sonuçlara engel olur.

Mevcut en geniş kapsamlı NGS (Yeni Nesil Dizileme) Paneli olan Klinik Ekzom testinin içeriğinde 3200’den fazla hastalık bulunmaktadır. OMIM ve HGMD’de net olarak genotip–fenotip ilişkisi ortaya konmuş hastalıkları hedefler.

Klinik Ekzom içeriğindeki yaklaşık 6700 gen, özel tasarlanmış problar sayesinde güçlü bir performans ile kısa sürede dizilenmektedir. Dizilenenler arasındaki yaklaşık 4000 genin kodlayıcı bölgeleri %100 oranında kapsanmaktadır.

Geniş kapsamlı klinik bilgi imkanı

Yoğun içerik

  • Klinik fenotiplerle ilgili bilinen tüm genler hedeflenir
  • Herhangi bir kırpılma hatasını saptayabilmek üzere +/- 10bp intron bölgeleri değerlendirilir

Esnek test seçenekleri

  • Solo veya trio olarak uygulanabilir
  • Prenatal tanı mümkündür
  • Kardeşler teste eklenebilir

En iyi panel özellikleri

  • Hedeflenen bazların %95’i > 20X kapsanır
  • Yaklaşık bir ayda sonuçlandırılır
  • Raporlanan tüm mutasyonlar Sanger dizileme ile doğrulanır

Yüksek yetkinlik

  • En ileri biyoinformatik süreçler
  • Klinik verinin ayrıntılı değerlendirmesi
  • Açık klinik tanı raporu
  • Negatif vakalarda ayırıcı tanıya dair tavsiyeler

Az örnek gereksinimi

  • 1 ml EDTA tam kan
  • 1µg saflaştırılmış DNA

Klinik ekzom testi kapsamındaki hastalıklar

Klinik ekzom testinden kimler faydalanabilir?

  • Klinikle ilişkili genleri daha derinden incelemeyi isteyen hekimler
  • Tanımlanamamış fenotipi olan hastalar
  • Fenotipik heterojeniteyle karşı karşıya olan ve tüm ekzom testi için imkanı olmayan hekimler
  • Tanımlanmış fenotipi olup hastalığa özgü pahalı NGS paneller yerine uygun bir seçenek arayan hastalar

Farklı testlerden elde edilecek verilerin karşılaştırması

Hızlı iş akışı ile tanıda yüksek kesinlik

 

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

 

Trombofili Taraması

/in

Trombofili, kanda pıhtılaşma eğiliminin arttığı, dolayısı ile Venöz Tromboemboli (VTE) riskinin yüksek olduğu durumları tanımlamak için kullanılan bir terimdir. Günümüzde VTE Batı ülkelerinin genel nüfusunda her yıl yaklaşık 1000’de 1-2 bireyi etkileyen ciddi bir sağlık problemidir (1,2). Çok sayıda edinsel (Tablo 1) ve kalıtsal faktörün (Tablo 2) değişik mekanizmalarla tromboz oluşumuna neden olduğu bilinmektedir (3,4). Arteriyel sistemde endotel hasarının ve trombositlerin fonksiyonel bozukluklarının önemli rol oynadığı, venöz sistemde ise daha çok staz ve pıhtılaşma sistemine ait bozuklukların tromboz gelişimine neden olduğu bilinmektedir (5).

Kalıtsal trombofili nedenlerini genetik olarak taşıyan bireylerde tromboz riski artmakla birlikte, yaşamları boyunca hiçbir trombotik atak geçirmemeleri de mümkündür. Bu kişilerde tekrarlayan trombotik ataklar arasında uzun süren asemptomatik dönemler de olabilmektedir. Bu durum, tek başına kalıtsal nedenlerin yeterli olmadığını, tromboz gelişiminde bazı edinsel faktörlerin katkısı olduğunu göstermektedir. (6,7).

 

 

Tablo 1. Edinsel trombofili nedenleri

 

Tablo 2. Kalıtsal trombofili nedenleri ve sıklıkları

Son yirmi yıl boyunca trombofili etyolojisi hakkındaki bilgilerimiz önemli ölçüde artmış ve çeşitli kalıtsal ve edinsel risk faktörleri keşfedilmiştir. Bu durum trombofilinin geniş çapta laboratuvar incelemesine olanak tanımıştır. Trombofilinin laboratuvar incelemesi, APCR, Faktör V Leiden mutasyonu, Protrombin G20210A mutasyonu, fizyolojik antikoagülanlar olan Antitrombin, Protein C ve Protein S eksiklikleri, Antifosfolipid antikorlarının varlığı ve artmış plazma Homosistein düzeylerinin araştırılması suretiyle venöz tromboembolizmin kalıtsal veya edinsel sebeplerini tesbit etmeyi amaçlar(3). Faktör V Leiden mutasyonunun coğrafi dağılımı değişik olup, ülkemizde görülme oranı %7-10’dur.

Kalıtsal trombofili taranması önerilen özellikli hasta grubu:

1- İlk VTE atağını 40 yaş altında geçiren kişiler (8,9,10)

2- Ailesinde tromboembolizm öyküsü olan kişiler

3- Tekrarlayan VTE öyküsü olan hastalar

4- Portal, mezenterik, splenik, hepatik, renal veya serebral venler gibi beklenmedik bölgelerde

tromboz meydana gelmiş kişiler (9,11)

5- Purpura fulminans ile başvuran çocuklar

6- Venöz tromboz riski taşıyan gebeler

7- Warfarine bağlı deri nekrozu öyküsü olanlar

8- Neonatal tromboz öyküsü olan hastalar (3,4)

Protein C ve Protein S testleri trombozun akut döneminde yapıldığında yanlışlıkla düşük bulunabilir. Heparin tedavisi altındaki hastalarda da antitrombin düşük bulunacaktır.

Faktör V Leiden, Protrombin G20210A mutasyonu moleküler inceleme testleridir. APC direnci moleküler bir inceleme olmayıp çabuk sonuçlanan koagülasyon testine dayalı bir incelemedir. APC direncinin <0,86 olduğu hastalarda öncelikle Faktör V Leiden mutasyonu düşünülmelidir.

Yapılan tahlilleri klinikle ilişkilendirebilmek ve sonuçların yanlış yorumlanmasını önleyebilmek için trombofilinin laboratuvar incelemesinde tahlil yapılacak hasta, yapılacak tahliller, tahlil zamanı ve tahlil yöntemi özenle seçilmelidir.

KAYNAKLAR:

1. Heit JA. Venous thromboembolism: disease burden, outcomes and risk factors. J Thromb Haemost 2005; 3: 1611–17.

2. Bronic A. Thromboembolic diseases as biological and clinical syndrome – role of the Mediterranean League against Thromboembolic Diseases. Biochem Med 2010; 20: 9–12.

3. Margetic S. Laboratory investigation of trombophilia. J Med Biochem 33: 28-46, 2014.

4. Türk Hematoloji Derneği Kalıtsal Trombofili Tanı ve Tedavi Kılavuzu.

5. Rosendaal FR: Venous thrombosis: a multicausal disease. Lancet 353: 1167, 1999.

6. Lane DA, Manucci PM, Bauer KA.: Inherited thrombophilia: Part-1. Thromb Haemost 76: 651, 1996.

7. Makris M, Rosendaal FR, Preston FE: Familial thrombophilia: Genetic risk factors and management. J Int Med 242: 9, 1997.

8. Carraro P. European Communities Confederation of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (EC4) Working Group on Guidelines for Investigation of Disease. Guidelines for the laboratory investigation of inherited thrombophilias. Recommendations for the first level clinical laboratories. Clin Chem Lab Med 2003; 41: 382–91.

9. Nicolaides AN, Breddin HK, Carpenter P, Coccheri S, Conard J, De Stefano V, et al. European Genetics Foundation Cardiovascular Disease Educational and Research Trust International Union of Angiology Mediterranean League on Thromboembolism. Thrombophilia and venous thromboembolism. International consensus statement. Guidelines according to scientific evidence. Int Angiol 2005; 24: 1–26.

10. Baglin T, Gray E, Greaves M, Hunt BJ, Keeling D, Machin S, et al. Clinical guidelines for testing for heritable thrombophilia. Br J Haematol 2010; 149: 209–20.

11. College of American Pathologists Consensus Conference XXXVI: Diagnostic issues in thrombophilia. Arch Pathol Lab Med 2002; 126: 1277–433.

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

 

Mody Paneli

/in

MODY (Maturity-Onset Diabetes of Young); genç başlayan (genellikle < 25 yaş), insüline bağımlı olmayan ve klinik olarak heterojen bir diyabet tipidir. Monogenik bir hastalık olan MODY, çoğunlukla otozomal dominant kalıtım gösterir ve tüm diyabet olgularının yaklaşık %2-3’ünü oluşturur. Genetik heterojenite de gösteren MODY’i Tip 1 ve 2 Diabetes Mellitus’tan (DM) ayırt etmek zor olabilmektedir. Birçok toplumda Tip 2 DM tanısı alan hastaların %5’lik bir kısmının MODY olduğu öngörülmektedir. Örneğin İngiltere’de MODY vakalarının %80’den fazlasının Tip 1 veya 2 DM olarak yanlış teşhis edildiği gösterilmiştir. MODY’nin DM’den farklı olan belirgin özellikleri; Tip 1 DM’de sıklıkla tespit edilen otoantikorların ve Tip 2 DM’de genellikle görülen obezitenin bulunmamasıdır. MODY’nin tedavisinin genetik etiyolojiye göre değişiyor olması, seyrek görülen bu hastalığın klinik önemini arttırmaktadır.

  • MODY Temel Panel hastalık ile ilişkilendirilmiş HNF1A, HNF1B, HNF4A ve GCK genlerinin dizilenmesini içerir.
  • MODY Genişletilmiş Panel kapsamında ise temel paneldeki genlere ek olarak ABCC8, INS, KCNJ11, PDX1, NEUROD1, KLF11, CEL, PAX4 ve BLK genleri yer almaktadır.
  • MODY panellerinde, belirtilen genlere ait tüm kodlayan ekzonik bölgeler yeni nesil dizileme ile taranır ve ortaya çıkan varyasyonların biyoinformatik analizleri yapılır. Ortalama hizmet süresi 4-6 haftadır.

 

Gençlerde görülen ve erişkin başlangıçlı diyabet gibi seyreden MODY şüphesi olan hastaların genellikle:

  • Yaşları genç olur (diyabet başlangıç yaşı <25)
  • Ailelerinde iki veya daha fazla kuşakta diyabet bulunur (otozomal dominant geçişli)
  • Hiperglisemiye eşlik eden obezite veya metabolik sendrom öyküsü bulunmaz
  • İnsülin dirençleri yoktur ve pankreas rezervleri iyidir
  • Asıl sorun insülin sekresyon mekanizmasında olduğu için otoantikorları negatif bulunur
  • Kan glukoz regülasyonları için insülin tedavisi gerekmez veya düşük dozla regülasyon sağlanır

Günümüzde birçok vakada MODY tanısı atlanmış veya Tip 1 veya 2 DM olarak yanlış sınıflandırılmıştır. Tip 1 ve 2 DM tanısı ile izlenen, ancak atipik gidiş gösteren, insülin direnci saptanmayan veya sülfonilüre grubu ilaçlara aşırı duyarlılığı olan hastalarda MODY’yi düşünmek ve uygun moleküler testler ile tanıyı doğrulamak, diyabet tedavisi için anahtar rol oynamaktadır. Moleküler tanı, hastanın prognozunu etkileyecek uygun tedavinin seçimi, genetik danışma verilmesi ve risk altındaki bireylerin taranması açısından çok büyük önem taşımaktadır. Hastalığın seyri ve ek komplikasyonlar ile ilişkili risk, genellikle ilişkili gen mutasyonlarına bağlıdır. Gelişen moleküler test olanakları ile yeni genler tanımlandıkça, MODY sınıfının giderek genişleyeceği düşünülmektedir. MODY tanısı için, genetik test genellikle sadece klasik özelliklere sahip olanlarda yapılmaktadır. Bununla birlikte, genetik olarak MODY tanısı konan hastaların sadece %50’si klasik kriterleri karşılamaktadır.

MODY (OMIM: 606391) hastalarının %80-85’lik bir kısmında HNF1A, HNF1B, HNF4A ve GCK genlerinden birinde mutasyonlar görülmektedir. Diğer genlerdeki mutasyonlar (NEUROD1, KLF11, CEL, PAX4, PDX1, INS, BLK, KCNJ11 ve APPL1) ise MODYhastalarının %15-20’lik kısmında görülmektedir. Ek olarak, ABCC8 genindeki mutasyonların da MODY kriterlerini karşıladığı gösterilmiştir.

HNF1A ve HNF4A mutasyonları olan hastalar, yavaş ilerleyen beta-hücre işlev bozukluğuna sahiptirler. Düşük doz sülfonilüre ile tedavi, insülin veya diğer tedavilere kıyasla stabil glisemik kontrol ve yaşam kalitesinde iyileşme ile sonuçlanmaktadır. HNF1Agenindeki mutasyonlar, MODY olgularının yaklaşık %20-50’sini oluşturan MODY3’e neden olur. MODY3 ile ilişkili fenotip, hastalarda normal kan glikoz seviyelerinden yüksek seviyelere kadar değişkenlik göstermektedir. MODY3 hastaları, erken yaşta beta hücre yetmezliği ve ilerleyici hiperglisemi veya ergenlik döneminde mikrovasküler ve makrovasküler komplikasyon riski altındadırlar. Hiperglisemik kontrol sülfonilüre tedavisi ile uzun yıllar sürdürülebilir, ancak MODY3’lü bireyler genellikle insülin tedavisine ihtiyaç duyabilirler. HNF4A genindeki mutasyonlar, MODY olgularının yaklaşık %5’ini oluşturan MODY1’e neden olur ve MODY3’e benzer bir seyir gösterir.

PDX1 genindeki heterozigot mutasyonlar ise MODY4’e neden olur. MODY2, MODY olgularının %20-50’sini oluşturan GCK genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkar. MODY2 hastaları tipik olarak, hafif-orta derecede açlık hiperglisemisine sahiptirler ve genellikle asemptomatiktirler. MODY2’ye sahip bireylerin çoğunluğu tek başına diyetle kontrol altına alınır ve nadiren ilaç tedavisine ihtiyaç duyulmaktadır. GCK-MODY, tipik olarak HbA1c <%7 (53 mmol/mol) ile birlikte hafif ve ilerleyici olmayan hiperglisemi gösteren bir fenotipe sahiptir. Diğer tiplerdeki artmış mikrovasküler ve makrovasküler komplikasyonlar ile ilişkili değildir. Tedavi genellikle HbA1c düzeyini değiştirmez. GCK-MODY’nin moleküler tanısı, farmakolojik tedavinin kesilmesine ve gerekli tıbbi gözetim sıklığının azalmasına olanak tanır.

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.

 

Periyodik Ateşli Hastalıklar

/in

Ateşli Hastalıklar Temel Panel, yeni nesil dizileme sisteminde MEFV, MVK, TNFRSF1A ve NLRP3 genlerinin tüm kodlayan ekzonik bölgelerinin taranmasını içerir.

Ateşli Hastalıklar Genişletilmiş Panel’de ise ek olarak LPIN2, IL1RN, NLRP12, NOD2 ve PSTPIP1 genleri yer almaktadır. Genişletilmiş Panel ile, klinik olarak periyodik ateş bulgusu bulunan ancak temel panel ile saptanamayan mutasyonların tespiti hedeflenir.

Periyodik Ateş Sendromları (PAS), tekrarlayan ateş atakları ve serozal enflamasyon ile karakterize otoinflamatuar hastalıklar grubudur. Bu gruptaki hastalıklardan bazıları arasında; Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF), Tümör Nekroz Faktör Reseptörü İle İlişkili Periyodik Sendrom (tRAPs), Hiper-IgD Sendromu (HıDs), Mevalonik Asidüri (MVA), Kriyopirin İlişkili Periyodik Sendrom (CAPs), Ailesel Soğuk Otoenflamatuar Sendrom (FCAs), Kronik İnfantil Nörolojik Kutanöz Artiküler Sendrom (CıNCA) ve Muckle-Wells Sendromu (MWs) yer alır. Tedavi edilmeyen PAS; malabsorbsiyon, böbrek yetmezliği, infertilite ve büyüme geriliği gibi ciddi komplikasyonlara neden olabilir. Bu nedenle doğru tanı konması kritik öneme sahiptir. Her PAS’nin kendine özgü bulguları da olmasına rağmen; genel olarak hastaların karın, göğüs, deri ve kas-iskelet sistemlerinde enflamatuar semptomlar gözlenir. Atak süresi ve sıklığı, döküntü tipi, santral sinir sistemi tutulumu (örneğin CAPs’de sıklıkla görülür) ve plevral efüzyon (FMFve tRAPs’de sık görülmesine rağmen HıDs veya CAPs’de nadiren rastlanılır) gibi bazı klinik bulgular ayırt etmeye yardımcı olabilir. Bununla birlikte, belirtilerin yoğunluğu ve yerleşimi hastalar arasında değişkenlik gösterdiği için klinikte kesin tanının konması genellikle zordur. Ayrıca, PAS’nin özgün olmayan bazı belirtileri; enfeksiyonlar, akut apandisit, kolesistit ve artrit gibi birçok yaygın hastalığı da taklit edebilir. Bunun sonucunda ise, doğru tanının konması uzun yıllar gecikebilir veya hasta yanlış tanıya hatta gereksiz operasyonlara maruz kalabilir. PAS’nin moleküler genetik analizi sayesinde, erken ve doğru tanı konularak gereken tedavi uygulanabilir ve böylelikle hastaların yaşam kaliteleri arttırılabilir. Çoğunluğu monogenik kalıtsal hastalıklar olan PAS’den sorumlu olduğu bilinen genlerde 900’den fazla varyant rapor edilmiştir. Bunların %93’nün tek nükleotid varyantı olması nedeniyle, yüksek kaliteli Yeni Nesil Dizileme (NGs) analizleri bu hastalık grubu için ideal bir tanı aracıdır. PAS’nin NGS yöntemleri kullanılarak yapılan moleküler genetik analizi, klinik tanıyı desteklemek için uygun ve güvenilir bir yol olarak kabul edilmektedir.

TESTE AİT BİLGİLER

Ateşli Hastalıklar Paneli ile yeni nesil dizileme sisteminde, temel paneldeki 4 gene ait ve genişletilmiş paneldeki 9 gene ait tüm kodlayan ekzonik bölgeler taranarak ortaya çıkan varyasyonların analizi yapılır. Bireyden alınan kan örneği EDTA’lı (mor kapak) tüplerde laboratuvarımıza ulaştırıldıktan sonra genomik DNA izolasyonu yapılır. Ardından PCR teknolojisi ile hedef bölgeler çoğaltılarak numune yeni nesil dizileme sistemine (NGS) hazır hale getirilir. Dizilenen bölge yoğun bir biyoinformatik analiz sürecinden geçirilerek mutasyonlar ortaya çıkarılır ve rapor oluşturulur. Ortalama hizmet süresi 4-6 haftadır.

HASTALIKLAR İLE İLGİLİ GENEL BİLGİLER

FMF;otozomal resesif kalıtım gösterir ve periton, sinovyum veya plevrada tekrarlayan ateş ve inflamasyona eşlik eden ağrılar ile karakterizedir. Ayrıca FMFhastalarında amiloidoz gelişimi de görülür (French FMF Consortium, 1997). Hastalarda ilkFMF epizodunun yaklaşık %90’lık bir oranla çocukluk veya ergenlik döneminde gözlendiği bilinmekle birlikte, yetişkin bireylerde de (20 yaş ve üzeri) ilk epizodun gerçekleştiği görülmüştür (Tamir N, et al. 1999; Sayarlioglu M, et al. 2005). Türk toplumunda FMF taşıyıcılığı %20 olarak belirlenmiştir (Chae JJ, et al. 2003). Bu durum, ülkemizde FMFtaramalarının ciddi bir öneme sahip olduğunu kanıtlamaktadır. Yapılan çalışmalarda,FMFtanısı konulan hastaların %70-80’lik bölümünde MEFV genine ait mutasyonlar saptanmıştır (Aksentijevich et al. 1999). HıDsve MVA; MVKgenindeki homozigot veya birleşik heterozigot mutasyonlar ile tanımlanan bozukluklardır. Mevalonat kinaz eksikliği biyokimyasal bulguları ile HıDs veya MVAşüphesi bulunan vakaların yaklaşık %95’inde MVKgeninde mutasyonlar tespit edilmiştir (Mandey et al. 2006; Bader-Meunier et al. 2010).Her iki hastalıkta da ateş, eklem ağrısı, deri lezyonları, ağız ülseri ve ishal ile karakterize olup vakaların büyük bir kısmında IgD seviyeleri yüksektir (Drenth JP, van der Meer JW 2001). tRAPs; tNFRsF1Agenindeki mutasyonlar ile bağlantılı, otozomal resesif geçişli bir hastalıktır. tRAPsvakalarının %40-50’sinin ailesel olarak, %5’inin ise sporadik olarak tNFRsF1Agenindeki mutasyonlar ile ilişkili olduğu ortaya çıkarılmıştır (Aksetijevich et al. 2001; Dode et al. 2002). Bireylerde yüksek ateş, döküntü, karın ağrısı, eklem-kas ağrıları karakterizedir (Rezaei N, 2006) ve en önemli farklı yanı da orbita çevresinde ödem, kızarıklık ve konjunktivitin eşlik etmesidir. FCAs1, CıNCAve MWs, CAPs’ın alt grupları olarak bilinmektedir. Bu grup hastalıklar, erken bebeklik dönemlerinde başlar ve ortak olarak döküntü, ateş ve ağrı görülür. Hastalığın şiddeti, alt grubuna ve hastaya göre değişkenlik gösterebilir (National Library of Medicine MeSH:D056587, 2017). lRP3genindeki mutasyonlar ise FCAstanısı konulan hastaların yaklaşık %85’inde ve CıNCAtanısı konulan hastaların yaklaşık %60’ında tespit edilmiştir (Aksentijevich et al. 2007; Aksentijevich et al. 2002). Ayrıca MWs sendromunun da genetik olarak NlRP3geni ile ilişkili olduğu gösterilmiştir (Hoffman et al. 2001). lPıN2geni Majeed sendromu, ıl1RNgeni İnterlökin-1 Reseptör Antagonist Bozukluğu (DıRA), NlRP12geni Ailesel Soğuk Otoenflamatuvar Sendrom 2 (FCAs2), NOD2geni Blau sendromu ve PstPıP1geni Piyojenik Artrit, Piyoderma Gangrenozum ve Akne Sendromu (PAPA) ile ilişkilendirilmiştir (De Jesus AA, Goldbach-Mansky R 2013; Jeru et al. 2008).

 

 

Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.