TÜM EKZOM DİZİLEME WES TEST
WHOLE EXOME SEQUENCING – WES TEST
İLERİ GENETİK TEKNİKLER
TÜM EKZOM DİZİLEME (WHOLE EXOME SEQUENCING – WES TEST)
Genler, DNA üzerinde bulunan ve proteinlerin kodlanmasından sorumlu olan bölgelerdir. Her genin içinde ise, ekzon ve intron denilen alt bölgeler bulunur. Proteinlerin yapımı sırasında intron bölgeleri çıkarılır ve proteinin son halinde yer almazlar. Proteini oluşturan asıl şifre ekzon bölgelerinde kayıtlıdır.
İnsan genomu yaklaşık olarak 180,000 ekzon içermektedir. Bütün ekzonlar genomun sadece %2’sine yakın bir kısmını oluştururlar. Fakat buna rağmen, hastalıklarla ilgili olduğu bilinen değişikliklerin yaklaşık %85’i bu bölgelerde yer alır. DNA’da bulunan tüm ekzonların toplamına ise ekzom adı verilir.
Dolayısıyla, ekzomu inceleyerek DNA’daki kritik öneme sahip değişiklikleri tespit etmek mümkün olabilir. Tüm Ekzom Dizileme – WES testi ile, ileri dizileme teknikleri kullanılarak ekzom etkili bir şekilde incelenebilmektedir.
Geni bilinen hastalıklarda, sadece o genin incelenmesi yaygın olarak tercih edilmektedir. Ancak klinik bulgular ile ayırıcı tanıya gidilemeyen karmaşık vakalarda, ilgili olabilecek olası genleri tek tek incelemek zaman kaybına neden olabilir ve maliyet beklenilenden çok daha yüksek çıkabilir. Ayrıca, ilgili geni henüz tanımlanmamış veya ayrıntılı olarak kategorize edilmemiş hastalıklar için, kalıtımın yapısını tam olarak anlamada ve doğru genetik testi seçmede sorunlarla karşılaşılabilir.
Tüm Ekzom Dizileme WES sayesinde, incelemek için belirli bir geni ya da gen grubunu seçmek zorunda kalmadan, binlerce genin kodlayıcı bölgeleri aynı anda test edilebilmektedir. Günümüzde bu yöntem, hem yaygın hem nadir hastalıklarla ilgili genetik varyantların araştırılmasında, tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) ile ilişkili durumların tanımlanmasında ve farmakogenetikte kullanılabilmektedir. Özellikle, hasta bir kişinin ebeveynleri ile birlikte üçlü olarak yapılan Tüm Ekzom Dizileme’den elde edilen veriler ile başka kardeşler ve/veya sonraki kuşaklar için mevcut olan hastalık riski de hesaplanabilir.
TÜM GENOM DİZİLEME (WHOLE GENOME SEQUENCING )
Tüm Genom Dizileme (Whole Genome Sequencing – WGS), bir bireyin tüm genomunun yani bütün kromozomal ve mitokondrial DNA dizisinin ileri dizileme teknikleri ile ortaya konmasıdır. Tüm Genom Dizileme, Tüm Ekzom Dizileme WES ’den farklı olarak genlerin intron bölgelerini ve mitokondride yer alan DNA’yı da inceleyebilmektedir ve varsa bu bölgelerde bulunan değişiklikleri de saptayabilmektedir. Tüm Genom Dizilemesi’nin diğer önemli farkları arasında; DNA’daki yapısal varyantları (örneğin translokasyon, inversiyon vb), kopya sayısı değişikliklerini ve kontrol dizilerini (örneğin microRNA’lar) de inceleyebilmesi ve tespit edebilmesi yer almaktadır.
Bir organizmanın genomunda yer alan tüm genetik bilginin ve değişimlerin en kapsamlı şekilde araştırılabilmesi bu yöntem ile mümkündür. Tüm Genom Dizileme WGS ile edilen en önemli verilerden biri de, hedefteki ilgili genlerin incelenebilmesine ek olarak onların aktivitelerine etki edebilecek diğer tüm genetik değişikliklerin, yani genler arası olası etkileşimlerin de ortaya çıkarılabilmesidir. Tüm bunlar sayesinde, sadece araştırma alanında değil, klinikte de çok değerli bilgilere ulaşılabilmektedir.
Tüm Genom Dizileme, genetik heterojenitenin veya atipik klinik bulguların olduğu hastalarda kullanılabileceği gibi, bir bireydeki nadir/yaygın kalıtımsal hastalıkların tanımlanmasına, özellikle kanser ile ilgili olan genetik değişikliklerin saptanmasına ve kişiye özel tedavilerin detaylı olarak belirlenmesine olanak sağlayabilir.
1990’da başlatılan ve 2003’te tamamlanan ‘Human Genom Project’ ile elde edilen veriler ve teknolojideki hızlı gelişmeler sayesinde, Tüm Genom Dizileme günümüzde artık daha kısa zamanda sonuç veren ve mali olarak da karşılanabilen bir test halini almıştır. Daha hızlı ve ekonomik olan Tüm Ekzom Dizileme WES seçeneği mevcut olsa da, yakın gelecekte Tüm Genom Dizileme’nin gittikçe yaygınlaşacağı öngörülmektedir.
