Laktoz İntoleransı Moleküler Genetik Analizi
Laktoz, neredeyse tüm memeli canlıların sütünde bulunan temel karbonhidrattır. Laktoz intoleransı ise, süt ve süt ürünlerinin tüketilmesinden sonra içeriğindeki laktozun bağırsaklarda sindirilememesi nedeniyle ortaya çıkar. Bunun sebebi, bağırsak mukozasındaki laktoz sindiriminde görevli laktaz enziminin aktivitesinin kaybolmasıdır. Laktaz enziminin aktivitesindeki azalma yaklaşık ikinci yaştan itibaren başlayarak ilerler ve yetişkinlikte neredeyse tamamen kaybolabilir. Dünya üzerindeki yetişkinlerin yaklaşık %70 kadarında laktoz intoleransı olduğu düşünülmektedir.
Laktoz intoleransının varlığı, laktoz içeren gıdaların alımından yaklaşık 30 dakika ile 2 saat sonra bazı bulgular ile hissedilebilir. Bu bulgular arasında genellikle karın ağrısı, bağırsakta gaz birikimi ve şişkinlik yer alır. İshal sıklıkla görülebilirken, bazı kişilerde kabızlığa da rastlanabilir. Bazı durumlarda ise laktoz intoleransı bulguları sadece bağırsak ile sınırlı kalmaz ve kişide baş ağrısı, baş dönmesi, hafıza bozukluğu, letarji (uyku hali), kas ve eklem ağrıları, alerji, kardiyak aritmi ve boğaz ağrısı gibi sistemik belirtiler de gelişebilir. Bulguların ortaya çıkışını; alınan laktozun miktarı, beraberinde tüketilen diğer yiyecekler, mide boşalma hızı ve bağırsaktan geçiş süresi, bağırsak mikrobiyatasının durumu, bağırsağın asiditesi ve bireysel faktörler de etkiler.
Tüm dünyada yapılan araştırmalarda; genetik olarak laktoz intoleransı, laktaz enzimini kodlayan LCT geninin -13910 ve -22018 pozisyonlarındaki varyantlar ile ilişkili bulunmuştur. Laktoz intoleransının -13910 C/C ve -22018 G/G genotiplerine bağlı olduğu düşünülürken, -13910 C/T ve T/T genotipleri ile -22018 A/A genotipi ise laktaz kalıcılığı (laktaz enziminin yetişkinlikte devam eden aktivitesi) ile ilişkilendirilmiştir. Ender durumlarda, -22018 G/A genotipinde olan bireylerde de laktoz intoleransı oluşabilir. Moleküler
genetik analizler ile yüksek hassasiyet ve duyarlılıkla bu varyantları tespit etmek mümkündür.
Laktoz intoleransının tanısında çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Bunlar arasında yer alan Laktoz İntoleransı Testi, Hidrojen Solunum Testi ve İntestinal Biyopsisi gibi yöntemler ya hastada mevcut bazı değişken faktörlerden etkilenebilmekte ya da invaziv girişim gerektirmektedir. Dolayısıyla laktoz intoleransın tanısında, LCT genindeki ilgili varyantları tespit edebilen moleküler genetik
analizler güvenilir, hızlı ve kolay bir test imkanı sunmaktadır.
Horizon Taşıyıcılık Taraması Testi
Risk ne kadar erken öğrenilirse, o kadar iyi hazırlık yapılabilir ve kararlar alınabilir.
Horizon taşıyıcılık taraması, kişilere ebeveynlik yolculuklarının hangi noktasında olurlarsa olsunlar önemli genetik hastalıkları çocuklarına aktarma riskleri konusunda kritik bilgiler verir.
ACOG, tüm bireylere gebelik öncesinde veya gebelik sırasında taşıyıcılık taramasını önermektedir.
Aşağıdaki üç hastalığın tüm hastalar için taranması önerilmektedir.
• Kistik fibrozis (CF): Her 45 kişiden 1’i taşıyıcı
• Spinal musküler atrofi (SMA): Her 50 kişiden 1’i taşıyıcı
• Hemoglobinopatiler: Her 49 kisiden 1’i tasıyıcı
Toplumlarda taşıyıcılık oldukça yaygındır ve aile öyküsü bir ön belirteç değildir.
Yenidoğan taraması tek başına yeterli değildir.
Çok geç alınan sonuçlar tanı ve tedaviyi geciktirebilir.5,6
Tarama için doğum sonrasına kadar beklenmesi, yeni ebeveynlere planlama için yeterli zaman tanımamaktadır.
Horizon Taşıyıcılık Taraması Testi, kapsamlı ve eyleme dönüştürülebilir bilgiler sunar.
Özenle tasarlanmış paneller ile 274 farklı genetik hastalık ve sendrom için tarama yapılabilir.
Tüm paneller, ciddi ve klinik olarak önlenebilir durumları içerecek şekilde özenle tasarlanmıştır ve genişletilmiş taşıyıcı taramasına ilişkin 2015 ACMG/ACOG/NSGC/PQF/SMFM ortak bildirisine uygundur.7,8
Horizon, risk altındaki sessiz SMA taşıyıcılarını tespit etme konusunda geleneksel taramanın ötesine geçiyor.
Geleneksel SMA taramaları yalnızca sağlıklı SMN1 kopyalarının toplam sayısını hesaplar.11 Bununla birlikte, ACOG’un belirttiği gibi, sessiz taşıyıcılarda iki sağlıklı SMN1 kopyası bulunmakla birlikte kopyaların ikisi de aynı kromozomdadır.12
Geleneksel SMA taramasından farklı olarak Horizon, aynı kromozom üzerinde iki sağlıklı SMN1 kopyasının bulunmasıyla ilişkilendirilen bir “tek nükleotid polimorfizmini” (SNP) inceler. Horizon, kopya sayısına ilave olarak bu SNP’i de analiz ederek, artmış sessiz taşıyıcı olma riskini de tarayabilir.
Geleneksel testler pek çok CF taşıyıcısını gözden kaçırmaktadır.
Horizon Taşıyıcılık Taraması Testi, CFTR genindeki ekzonların tamamını dizilemektedir. Buna karşılık, geleneksel CF taramaları daha az varyantı hedefleyen bir analiz kullanır; bu da CF’ye neden olduğu bilinen varyantların çoğunu gözden kaçıracakları anlamına gelir.4
Horizon, hemoglobinopatilere yönelik kan testlerini tamamlamaktadır.
Tek basına kan sayımı ve elektroforez testi, Horizon tarafından tespit edilen alfa hemoglobinopati sessiz taşıyıcılarının %90’ını ve beta hemoglobinopati sessiz taşıyıcılarının %6’sını gözden kaçırabilir. Horizon gibi DNA tabanlı bir taramanın eklenmesi, net varyantı tanımlayarak hızlı ve kapsamlı hemoglobinopati sonuçları sunar. Horizon sonuçları, doğum öncesi doğrulayıcı tanıyı veya PGT’yi desteklemektedir.4
Horizon, rutin taramalardan daha doğru bir Frajil X risk değerlendirmesi sağlar.
Geleneksel taramalar yalnızca CGG tekrarlarının sayısını bildirirken, Horizon CGG tekrarları içindeki AGG kesintilerini de analiz eder.
Sizi ve hastalarınızı desteklemeye yönelik basit ve özelleştirilmiş kaynaklar:
Referanslar:
- Bulaklak and Gersbach. Nat Commun. 2020:11, 5820.
- American College of Obstetricians and Gynecologists, Committee Opinion # 690, March 2017.
- Archibald et al. Genet Med. 2018;20:513-523.
- Westemeyer et al. Genet Med. 2020;22(8):1320-28.
- https://www.babysfirsttest.org/. Accessed April 2020.
- Wilcken. N Engl J Med. 2008;358(6):647.
- Joint statement was a collaboration with the American College of Medical Genetics (ACMG), the American College of Obstetricians and Gynecologists (ACOG), the National Society of Genetic Counselors (NSGC), the Perinatal Quality Foundation (PQF), and the Society for Maternal-Fetal Medicine (SMFM).
- Edwards et al. Obstet Gynecol. 2015;125(3):653–62.
- Horizon 14 includes Horizon 4 and the following conditions: alpha-thalassemia, beta-hemoglo binopathies, Canavan disease, familial dysautonomia, galactosemia, Gaucher disease, medium chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (MCAD), autosomal recessive polycystic kidney disease (PKD), Smith-Lemli-Opitz syndrome, and Tay-Sachs.
- Spectrum Advantage disclaimer: Spectrum PGT-M and PGT-A must be performed within one year of Horizon screening results. Shipping and batching fees apply. Promotional price good for one test run and not valid if patient chooses to file insurance. Restrictions apply. Both male and female must have completed a Horizon panel with 4 or more conditions. Prior carrier screening/genetic testing identifying positive risk for a disorder voids special pricing.
- McAndrew et al. Am J Hum Genet. 1997;60(6):1411-1422.
- American College of Obstetricians and Gynecologists, Committee Opinion # 691, March 2017.
- Watson et al. Genet Med. 2004;6:387–391.
- Nolin et al. Am J Hum Genet. 2003;72(2):454-464.
ÇÖLYAK HASTALIĞI
ÇÖLYAK HASTALIĞI
MOLEKÜLER GENETİK ANALİZİ
İntestinal bir otoimmün hastalık olan çölyak hastalığının ortaya çıkmasında, genler ve genetik olmayan etkenler birlikte rol oynar. Genetik yatkınlığı bulunan bireylerde, gluten içerikli beslenme sonucunda bu hastalık tetiklenir. Genetik açıdan çölyak Hastalığına yatkınlık ile en kuvvetli ilişki, HLA-DQ2.2, HLA-DQ2.5 ve HLA-DQ8 allellerinde bulunmuştur.
HLA-DQ2.5, hastalık geliştirme riski en yüksek allel olarak kabul edilmektedir. Özellikle iki kopya (homozigot) HLA-DQ2.5 taşıyan kişilerde çölyak hastalığı bulgularının daha ileri derecede olabildiği gözlenmiştir. HLA-DQ2.5, HLA-DQ8 veya HLA-DQ2.2 dışındaki diğer HLA-DQ allellerini taşıyan kişilerin hastalık riskleri açısından farklı toplumlardaki çalışmalarda farklı sonuçlar görülmüştür.
Kişide söz konusu allellerin bulunması hastalığa yatkınlığı gösterir. Çölyak hastalarının hemen hepsinde bu ilgili allellerden biri veya daha fazlası bulunabilir. Bununla birlikte, toplumdaki sağlıklı bireylerin önemli bir kısmı da bu alleller açısından pozitiftir, fakat kendilerinde hastalık gelişimi gözlenmeyebilir. İlgili allellerin kişide hiç bulunmaması ise hastalığı dışlamak adına çok önemli bir bulgudur.
Çölyak hastalığı ile ilişkilendirilmiş allellerin moleküler genetik bir analiz ile detaylı şekilde incelenmesi mümkündür. Böyle bir analiz ile
elde edilecek sonuçlar; eğer hastada kuşkulu biopsi sonuçları, net olmayan biyokimya sonuçları (özellikle 2 yaş altı çocuklarda) veya ayırıcı tanı konulması gereken bağırsak problemleri varsa özellikle önemlidir. Ayrıca, çölyak hastalarının birinci derece yakınlarının değerlendirilmesi için de bu tip bir analiz faydalı olacaktır.
TROMBOFİLİ PANELİ MOLEKÜLER GENETİK ANALİZİ
TROMBOFİLİ PANELİ MOLEKÜLER GENETİK ANALİZİ
Tromboz kaynaklı kardiyovasküler hastalıklar, genlerin ve genetik olmayan faktörlerin karmaşık etkileşimleri ile ortaya çıkmaktadırlar. Genetik olmayan faktörler arasında; gebelik, oral kontraseptif kullanımı, ameliyat, kanser, seyahat, hareketsizlik sayılabilir. Genetik açıdan ise, belirli bazı genlerdeki varyantlar bu hastalıklar ile ilişkili bulunmuştur. Bir kişide genetik risk faktörlerinin birden fazlası bir arada bulunuyor olabilir. Genlerdeki bu tip varyantların moleküler genetik yöntemlerle incelenebilir ve bu sayede kişiler genetik yatkınlık risklerini öğrenebilirler. Kardiyovasküler hastalıklar sık görülür, fakat buna rağmen onları uzak tutabilmek çoğu zaman mümkündür. Uzak tutmanın en iyi yolu ise kişinin genetik yatkınlıklarının bilgisi ışığında yaşam tarzını ve alışkanlıklarını belirlemesidir.
Kardiyovasküler hastalıklar ile ilişkilendirilmiş genlerin başında Faktör V geni gelir. Bu gendeki Leiden varyantı (G1691A) venöz tromboembolizme (kan damarlarında tıkanma) neden olabilecek pıhtılaşma problemlerine yol açabilir. Bu varyantı taşıyan bireylerde derin ven trombozu gelişme riski artmıştır. Derin ven trombozu genellikle bacaklarda oluşmakla birlikte beyin, gözler, karaciğer ve böbrekler gibi diğer vücut bölgelerinde de görülebilir. Bu varyant ayrıca gebelik kaybı, fetal büyüme gerilikleri ve preeklampsi için risk artışı ile de ilişkili bulunmuştur. Yine Faktör V genindeki H1299R (R2) varyantının incelenmesi ise, Faktör V Leiden varyantı için heterozigot olan (tek kopya taşıyan) kişilerdeki trombotik riski belirlemek adına önemlidir. Bu iki varyantın birlikte bulunması durumunda, yalnızca Leiden varyantı taşıyanlara kıyasla venöz tromboz riskindeki artış daha fazladır ve ilk trombotik atak daha erken görülür.
Faktör II (Protrombin) genindeki G20210A varyantı, venöz tromboembolizm riskini en çok etkileyen genetik faktörler arasında ikinci sıradadır. Arteriyal tromboembolizm için de majör risk faktörü olarak kabul edilmemektedir. Miyokard enfarktüsü ve inme ile net bir ilişkisi kurulamamıştır. Protrombin trombofilisi, gebelik kaybı ve preeklampsi için hafif derece risk faktörü olarak görülmektedir.
MTHFR geninde yer alan C667T ve A1286C varyantları aynı isimli MTHFR enziminin aktivitesinde azalmaya yol açabilmektedirler. Enzim aktivitesindeki azalma sonucunda plazma homosistein seviyelerinde hafiften orta dereceye değişen ölçüde artış (homosisteinemi) görülebilir. Hiperhomosisteinemi; genetik, fizyolojik ve çevresel faktörlerin birleşimi ile ortaya çıkar ve MTHFR varyantları buna katkıda bulunabilen faktörlerden sadece biridir. Özellikle homozigot (iki kopya) C667T varyantı, enzim aktivitesinde orta derecede azalma ve plazma homosistein seviyesinde artış ile ilişkilendirilmiştir. Homosistein seviyesinin arttığı ve homozigot C667T varyantının mevcut olduğu durumların venöz tromboembolizm için de orta derecede risk artışı ile ilişkili olduğu düşünülmektedir.
Faktör XIII geninde V34L varyantı taşıyanların; yüksek fibrinojen konstantrasyonu varlığında fibrin pıhtıları daha gevşek yapıdadır, daha kalın ipliklere sahiptir ve fibrinoliz ile daha hızlı yıkılır. Otozomal dominant olarak kalıtılan bu varyantın bulunması belirli ırklara mensup kişilerde trombolitik olaylara karşı koruyuculuk sağlayabilir ve venöz tromboembolizm riskini azaltabilir. Ayrıca miyokard enfarktüsü için de orta derecede risk azalması ile ilişkili olabilir. Gen-gen ve gen-çevre ilişkileri V34L varyantının koruyuculuğunu etkileyebilirler. Örneğin PAI-1 (4G/4G allelinin bulunması V34L etkisini azaltabilir.
PAI-1 geni tarafından kodlanan PAI-1 proteini, fibrin pıhtılarının yıkım basamaklarında yer alan bazı enzimleri inhibe eder. Aşırı fazla miktarda PAI-1 bulunması fibrinin normal şekilde ortadan kaldırılmasına engel olabilir ve tromboza yol açabilir. Diğer taraftan PAI-1 eksikliği veya yokluğu da hayat boyunca kanamaya eğilimli olmaya neden olabilir. PAI-1 geninde 4G/4G varyantı taşıyanlarda PAI-1 plazma düzeyleri artmıştır, fibrinoliz azalmıştır, venöz tromboembolizm riski ve miyokard enfarktüsü riski artmıştır. 4G/5G genotipi için venöz tromboembolizm ve miyokard enfarktüsü risklerinin artışı orta derecede değerlendirilir.
Diğer Popüler Bültenler için Tıklayınız.
HEMOKROMATOZ HASTALIĞI MOLEKÜLER GENETİK ANALİZİ
Hemokromatoz, ince bağırsak tarafından uygunsuz şekilde fazla demir emiliminin gerçekleştiği genetik bir hastalıktır. Fazla demir; karaciğerde, pankreasta, dalakta, tiroid bezinde, deride, kalpte, eklemlerde, yumurtalıklarda, testislerde ve ön hipofiz bezinde birikir. Tedavi edilmeyen kişilerin erken dönemdeki bulguları arasında; karın ağrısı, halsizlik, kilo kaybı, eklem ağrıları yer alabilir. Bazı hastalarda aşırı demir yüküne bağlı olarak organ hasarı gelişir ve bunun sonucunda kardiyomiyopati, artropati, diabetes mellitus, siroz ile karaciğer ve pankreas kanseri gibi risklerde ciddi bir artış görülebilir.
Hemokromatoz Hastalığı tedavi edilmeyen kişilerin erken dönemdeki bulguları arasında; karın ağrısı, halsizlik, kilo kaybı, eklem ağrıları yer alabilir.
Otozomal resesif şekilde kalıtılan hemokromatoz, HFE genindeki patojenik varyantlar sonucunda ortaya çıkmaktadır. Bu patojenik varyantlar HFE geni tarafından kodlanan HFE proteininin işlevinin azalmasına ya da tamamen kaybolmasına yol açar. Hemokromatoz ile ilişkili patojenik varyantlar arasında en sık rastlanılanlar C282Y ve H63D varyantlarıdır. Bunlar dışında S65C ve E168X varyantları da daha ender görülmekle birlikte hemokromatoz hastalığının gelişmesi ile bağlantılı bulunmuşlardır. Hastaların %90 – 100 kadarı patojenik varyantları homozigot durumda (çift kopya) taşır, fakat tek kopyaya sahip kişilerin bile demir metabolizmalarında ufak bozukluklar ortaya çıkabilmektedir.
Hemokromatoz Hastalığı Moleküler Genetik Analizi
Hemokromatoz ile ilişkili HFE genindeki bu patojenik varyantlar, moleküler genetik analiz ile saptanabilir. Hastalık, klinik olarak ortaya çıkan bulgular ile teşhis edildiğinde genellikle vücutta meydana gelen hasar artmış olur ve böyle bir durumda tedavi yalnızca kısmen başarılı olabilmektedir. Ancak moleküler genetik analiz ile erken tanı koyulabildiğinde, tedaviye erken başlanarak hastalığa bağlı sorunları azaltmak ve / veya geciktirmek mümkün olabilir.
BRCA1 ve BRCA2 Genetik Testleri
Meme/over kanseri dünyada en sık rastlanan kanser türleri arasında yer almaktadır. Toplum genelinde, kadınların yaklaşık %12 kadarının meme kanserine yakalanacağı öngörülmektedir. Meme ve/veya over kanserine kalıtsal yatkınlık ile ilgili olduğu bulunan pek çok gen tespit edilmiştir. Bu genler arasında yer alan BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki mutasyonların, meme/over kanseri geliştirme riskini %50-85 kadar arttırdığı bildirilmiştir.
MEME KANSERİ
Kadınlarda teşhis edilen kanserlerin %25’ini meme kanseri vakaları oluşturur. Tüm meme kanserlerinin %5-10’unun kalıtımsal olduğu ve BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki mutasyonların da meme kanseri riskini en çok arttıran mutasyonlar olduğu gösterilmiştir. BRCA genlerindeki mutasyonlar, sadece hastanın genetik yatkınlığının göstergesidir. Yaşam tarzının ve çevresel etkenlerin de önemli bir rolü olduğu unutulmamalıdır. Dolayısıyla, BRCA1 ve BRCA2 mutasyonu tespit edilmiş bir kişide, meme veya over kanserinin ya da başka bir kanser türünün mutlaka ortaya çıkacağını ifade etmek hatalı bir yaklaşım olacaktır. Buna karşılık, mutasyon taşımayan bir kişide sporadik olarak meme kanseri gelişebilir.
BRCA1 ve BRCA2 GENLERİNİN ROLÜ
DNA hasarını tamir etmekle görevli olan BRCA1 ve BRCA2 genleri, tümör baskılayıcı genlerdir. Mutasyona uğradıklarında işlevlerini kaybederler ve doğal fonksiyonlarının tam aksi yönünde kanser oluşumuna sebep olan bir faktör haline gelirler. BRCA1 ve BRCA2 genlerinde, toplam 2600’den fazla mutasyon tanımlanmıştır. Bu mutasyonlar otozomal dominant şekilde kalıtılırlar ve yüksek derecede penetrans gösterirler. BRCA1 ve BRCA2 mutasyonu taşıyıcılarının toplumlardaki genel sıklığı yaklaşık 1/500 – 1/1000’dir.
BRCA1 veya BRCA2 geninde kalıtımsal bir mutasyon taşımak, meme, over ve bazı diğer kanserlerin oluşma riskini, hem kadınlarda hem de erkeklerde önemli derecede arttırmaktadır. (Tablo 1)
HANGİ VAKALAR İÇİN GENETİK TEST DÜŞÜNÜLMELİDİR?
Eğer hastanın kendisinin veya ailesinin hikayesi aşağıdaki bulgulardan herhangi birini içeriyor ise genetik test düşünülür:
•50 yaşından erken meme kanseri
•Herhangi bir yaştaki over kanseri
•Çok odaklı meme kanseri
•Erkekte meme kanseri
•Triple negatif (östrojen reseptörü negatif, progesteron reseptörü negatif, HER2/Neu negatif) meme kanseri
•Aynı bireyde veya ailenin aynı tarafında pankreas kanseri ile birlikte meme veya over kanseri
•Birisi 50 yaşından genç olmak üzere 2 veya daha fazla akrabada meme kanseri
•Herhangi yaştaki 3 veya daha fazla akrabada meme kanseri
•Ailede daha önceden tanımlanmış mutasyon
Detaylı ve hatasız bir aile hikayesinin çıkarılması, kişinin kalıtımsal meme veya over kanseri riskinin belirlenmesinde çok büyük önem taşır. Kanseri erken teşhis edebilmek için atılacak her adımla, hastanın önleyici tedbirlere ve proaktif tedavilere ulaşması sağlanmış olacaktır. Sonuç olarak hastalığın daha iyi prognoz göstermesini sağlamak mümkün olacaktır.
(Risk kriterlerini açıklayan daha detaylı bilgiye “NCCN Clinical Practice Guidelines For Breast Cancer” ve benzeri kaynaklardan ulaşılabilir.)
1. Kalıtımsal meme/over kanseri için orta derece risk taşıyan vaka örneği:
Ailenin aynı tarafında, 70 yaşından erken kansere yakalanmış, iki tane 1. ve 2. dereceden akraba bulunmaktadır.
2. Kalıtımsal meme/over kanseri için yüksek derece risk taşıyan vaka örneği:
Ailede 1. ve 2. Dereceden bilateral meme kanseri olan (biri 50 yaşından önce) ve over kanseri olan akrabalar bulunmaktadır.
BRCA1 ve BRCA2 GENETİK ANALİZLERİ
1) BRCA1 ve BRCA2 Tüm Gen Dizilemesi
Aile hikayesinin ve/veya klinik tablonun kalıtımsal meme/over kanseri riskini işaret ettiği vakalarda, BRCA1 ve BRCA2 genlerinde Tüm Gen Dizilemesi yapılmaktadır. Yapılan dizi analizi sonucunda bir mutasyon tespit edilmesi halinde, hastanın ailesindeki diğer bireylere de bu ailesel mutasyon için test yapılması önerilir.
2) BRCA1 ve BRCA2 Delesyon/Duplikasyon Testi
Bazı durumlarda mutasyonlar, az sayıdaki DNA bazlarında değil, genin bir bölgesinin tamamının delesyonu veya duplikasyonu şeklinde ortaya çıkabilir. Bu tip büyük delesyon/duplikasyon mutasyonlarının BRCA1 ve BRCA2 genlerinde oldukça sıklıkla meydana geldiği görülmüştür. Ancak bu tür mutasyonlar, Tüm Gen Dizilemesi ile net olarak tespit edilemez. Bu mutasyonların analizi için MLPA yöntemi ile Delesyon/Duplikasyon Testi yapılması gerekir.
3) Meme/Over Kanseri ile İlişkili Diğer Genlerin İncelenmesi
BRCA 1 ve BRCA 2 dışında meme ve/veya over kanseri geliştirme riski ile bağlantılı oldukları saptanan başka genlerinde sayısı giderek artmaktadır. Diğer genlerdeki kalıtımsal mutasyonlar sadece meme ve /veya over kanserlerinin değil, aynı zamanda melanoma, kolon, pankreas ve prostat gibi başka kanserlerin riskinide arttırmaktadır. BRCA1 ve BRCA2 genlerinde yapılan testlerde mutasyon bulunmayan, fakat meme ve/veya over kanseri açısından kuvvetli bir aile hikayesine sahip olan kadınlar için Yeni Nesil Dizileme (Next Generation Sequencing – NGS) yöntemiyle yapılan paneller önerilebilir. Bu panellerde, meme ve/veya over kanseri ile ilgisi bulunmuş diğer yatkınlık genleri taranmaktadır. NGS yöntemi ile yapılan bu geniş kapsamlı dizilemeler sonucunda eğer mutasyon tespit edilirse, elde edilen bulguların Sanger Dizileme Yöntemi ile doğrulanması tavsiye edilir.
Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.
Bağırsak Mikrobiyom Analizlerinde Moleküler Genetik Yöntemler
“İnsan Mikrobiyom Projesi” (Human Microbiome Project) ile insan sağlığında çok önemli bir rolü olan mikrobiyal flora detaylı olarak incelenmiş ve karakterize edilmiştir. Günümüzde artık geleneksel dışkı testlerini gelişmiş moleküler genetik yöntemlerle tamamlamak ve bu sayede bağırsak mikrobiyotasının ileri analizini yapmak mümkün olabilmektedir.
Son yıllarda geliştirilen dizileme teknolojileri ile okyanuslar, atık sular, insan vücudu vb. ortamlardaki mikrobiyolojik toplulukları kapsamlı bir şekilde araştırmak mümkün olmuştur. Dünya üzerinde yaklaşık 1030 mikrobiyal hücre topluluğu olduğu tahmin edilmektedir. İnsan vücudunda ise yaklaşık 100 trilyon mikroorganizma konaklamaktadır (1). Çoğunluğunu bakterilerin oluşturduğu mantar, virüs ve protozoaları içeren bu populasyon insan hücrelerinden 1O kat fazla mikrobiyal hücre ve insan genomundan 150 kat fazla gen içerir. Bedenimizi paylaşan kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların oluşturduğu bu ekolojik topluluğa “mikrobiyota” denmektedir. “Mikrobiyom” ise bu çevrede yaşayan mikroorganizmaların toplam genomu olarak tanımlanmaktadır (2).
Bakterilerin fonksiyonları ve karakteristik özellikleri genomlarında kodlanmıştır. Günümüzde geleneksel dışkı testlerini, gelişmiş moleküler genetik analizlerle tamamlayarak, bağırsak mikrobiyotasındaki çok sayıda aerop ve anaerop bakterinin özelliklerini ve metabolik ilişkili gruplarını tanımlamak mümkün olabilmektedir (3).
“İnsan Genom Projesi”nin (Human Genome Project) devamı olan “İnsan Mikrobiyom Projesi” (Human Microbiome Project) çalışması 2007 yılında başlatılmıştır. Bu proje ile hem sağlıklı hem de hasta insanların mikrofloralarındaki mikroorganizmaların tespit edilmesi ve özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 2008 yılında insan mikrobiyomu tanımlanmış, dökümente edilmiş ve moleküler seviyede referans veritabanı oluşturulmuştur (4).
İnsan mikrobiyotası deri, genitoüriner sistem, solunum sistemi ve en çok da gastrointestinal sistemde kolonize olmuştur. Gastrointestinal sistem yaklaşık 200m² yüzey alanı ve mikroorganizmalar için zengin besin öğeleri içermesi sebebi ile vücudumuzdaki en zengin mikroorganizma topluluğunu barındırmaktadır. Mikrobiyom analizleri bağırsak florası birleşiminin sekans karşılaştırmalarının yapılmasını sağlamış, sağlıklı kişilerde olması gereken bakteri türleri belirlenmiştir (5).
E.coli, Enterococcus, Bifidobacterium ve Lactobacilli türleri bağırsak mikrobiyotasının önemli bir kısmını kapsamakta ve rutin kültür yöntemleriyle tanımlanabilmektedir. Ancak mikrobiyotada var olduğunu bildiğimiz geniş bir anaerop bakteri grubunu kültürle saptamak, oldukça zahmetli yöntemler gerektirmekte, çoğu zaman mümkün olmamaktadır. Faecalibacterium prausnitzii, Akkermansia muciniphila gibi anaerop bakteriler, konvansiyonel yöntemlerle saptanamadığı halde mikrobiyotanın en geniş populasyonunu oluşturan ve temel metabolik yeteneklerden sorumlu olan türlerdir.
Moleküler-genetik bir teknik olan DNA dizileme yöntemi ile klinik örneklerdeki bakteri genomları saptanabilir. Proses boyunca, özellikle bakterilerden gelen sinyaller kaydedilir. Elimizdeki örnekte kaç farklı bakteri genomu olduğu ise 16S rRNA sekanslamayla gösterilir. Böylece bakteriyel biyoçeşitlilik analiz edilir (3). Resim 2. de test prosedürü görülmektedir.
Resim 2 . (Keller ve ark. ) Mikrobiyom analizinde 16S rRNA dizileme yöntemi. (Dışkı örneklerinden mikrobiyom DNA’sı izole edilir ve PCR ile çoğaltılır. Daha sonra, DNA dizileme işlemi gerçekleştirilir. Elde edilen çok sayıda veri özelleşmiş bilgisayar programları aracılığıyla değerlendirilir. Gen dizilemeleri referans genomlarla karşılaştırılarak bakteriler doğru olarak tanımlanır.)
“İnsan Mikrobiyom Projesi’ veri tabanına dayanarak yapılan gastrointestinal mikrobiyom analizi 250 parametre içermektedir. Tüm doğrulanabilir türler ve jenerik grupların sonuçları dikkate alınarak bakteri çeşitliliği belirlenir. Bakteri çeşitliliğinin çokluğu sağlıklı kişilerde endojen enfeksiyonlara karşı koruyucu kabul edilir. Ancak genellikle tekrarlayan antibiyotik kullanımı sonrası ya da çeşitli hastalıklara bağlı olarak bu çeşitlilik azalır. Bu tür durumlarda patojen bakteri, virüs, mantar gibi fırsatçı organizmalar kolayca çoğalabilir (4).
ENTEROTİP KLASİFİKASYONU
İntestinal mikrobiyom analizleri sonucunda insan bağırsak florasında yerleşik 3 ana enterotip belirlenmiştir. Enterotipler beslenme alışkanlıklarına bağlı değişmekle birlikte baskın olarak Bacteriodes, Prevotella ve Ruminococcus türlerinden oluşmaktadır. Tipik metabolik özelliklere göre enterotipin hangi bakteri grubunu içerdiği ayırt edilebilmektedir.
Enterotip 1 Bacteriodes,
Enterotip 2 Prevotella,
Enterotip 3 ise Ruminococcus populasyonlarının baskınlığı ile karakterizedir (6).
BAKTERİ KANTİTASYONU
Kişisel farklılıkları göstermek ve klasik kültür yöntemlerini desteklemek amacıyla kantitatif PCR yöntemi kullanılır. Bu yöntem spesifik problar aracılığı ile kişilerin intestinal mikrobiyatasındaki bakterileri tür ve miktar olarak saptar. Böylelikle standart data verileri referans alınarak, farklılıkları belirlemek ve teropatik önlemler için bireysel tavsiyelerde bulunmak mümkün olabilir. Mikrobiyom analizinde, filum cinsi bakteriler olan Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Akkermansia muciniphila, nadiren Fusobacterium’ ların kompozisyonu dikkate alınır. Bu taksonomik sınıflandırmaya göre tipik klinik paternler tanımlanır. Örneğin Firmicutes/Bacteroidetes oranı artması ya da Proteobacterium’ların dominant olması çeşitli klinik farklılıklar yaratır (7).
Sık rastlanan, önemli türlerin baskınlığına bağlı olarak değişen metabolik özellikler Tablo 1. de tanımlanmıştır.
Dışkıdaki moleküler-genetik analizler intestinal mikrobiyom çeşitliliklerini saptamayı ve probiyotik ve prebiyotik tedavilerinin temellerini belirlemeyi mümkün kılmıştır. Bu yeni yöntemle intestinal mikrofloranın kişilere göre değişiklikleri saptanabilir, kişilerin ihtiyaç duyduğu özelleşmiş terapiler belirlenebilir. Crohn hastalığı, ülseratif kolit gibi intestinal inflamatuar hastalığı olanlara, ya da antibiyotiğe bağlı diare gelişen kişilere başarıyla yardımcı olabilen prebiyotik-probiyotik kombinasyonları geliştirilmiştir (8).
Tablo 1 . İntestinal mikrobiyotada sık rastlanan bakteriler ve değişken metabolik özellikler . *Butirik asit üreten bakteriler * *Musin üreten bakteriler
Günümüzde çok gelişmiş olan dizileme yöntemi ile kişisel intestinal mikrobiyota hakkında geniş bir moleküler genetik analiz yapılmakta, ayrıca pankreatik elastaz, safra asitleri, kalprotektin, alfa 1 antitripsin ve slgA gibi parametreler iredelenmektedir.
Sonuç olarak, kolay ve ekonomik yollarla bağırsak mikrobiyomu tayin edilebilmektedir. Kişisel bağırsak mikrobiyatasının tanımlanması ile birlikte ise kişiye özel tavsiye ve tedavi yaklaşımları mümkün olmaktadır (3, 7).
Kaynaklar:
- The Human Microbiome Project Consortium. A framework for human microbiome research. Natur.2012;486(7402):215-21.
- Turnbaugh, P.J.; Ley, R.E.; Hamady, M.; Fraser- Liggett, C.M.; Knight, R.; Gordon, J.I. (2007). “The Human Microbiome Project”. Nature 449: 804–810.
- Mandal, S. et al.: Analysis of composition of microbiomes: a novel method for studying microbial composition. In: MEHD 26, S. 27663-27670, 2015
- The NIH HMP Working Group et al: The NIH Human Microbiome Project. In: Genome Res. 19, S.2317-2323, 2009.
- Bull M.J., Plummer N.T.. Part 1: The Human Gut Microbiome in Health and Disease. In: IntegrativeMedicine: A Clinician’s Journal 13(6), S. 17-22, 2014
- Arumugam, M. et al.: Enterotypes of the human gut microbiome. In: Nature 473(7346), S. 174-180,2011
- 19. Keller, P.M. et al.: 16S-rRNA-Gen-basierte Identifikation bakterieller Infektionen. BIOspektrum S.755- 759, 2010
- 20. Scott, K. P. et al. Manipulating the gut microbiota to maintain health and treat disease. In: Microbial Ecology in Health and Disease, 26, S. 25877-25977, 2015
Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.
Farmakogenetik DNA Paneli
İlaç seçimi, ilaç dozu, etkileşimi ve yan etki değerlendirmesinde, kişiye özel tedavi kararınızda genetik desteğiniz.
İlaçların istenilen etkinliği göstermemesi ve ilaca bağlı yan etkilerin en önemli nedeni, kullanılan ilaçların hastanın genetik yapısına uygun olmamasıdır.
İlaçların metabolizması kişiden kişiye farklılık göstermektedir. Bu durum ilaçların metabolizma yolağındaki enzimlerin, her kişide farklı genetik yapılarla düzenlenmiş olmasına bağlıdır. Aynı etken madde farklı kişilerde yavaş, hızlı veya normal metabolize edilmesine göre az, çok veya normal etkinlik göstererek her bireyde farklı tedavi sonuçlarına ve yan etkilere yol açar.
Uygulanan tüm ilaç tedavilerinde, vakaların % 40-70’inde ilaçlar yeteri kadar etkili olamamakta ve hastaların %7-10’unda ilaçların yan etkileriyle karşılaşılmaktadır. Her yıl ABD’de ilaçlara bağlı en az 2,2 milyon yan etki vakası oluşmakta ve bunların 100.000’den fazlası ölümle sonuçlanmaktadır. Bir ilacın hangi hastada etki veya yan etki oluşturacağını gösteren Farmakogenetik testlerin kullanımı yan etki vakalarını ve bunlara bağlı kayıpları azaltmaktadır.
Farmakogenetik testler bir hastanın ilaç tedavisine vereceği yanıt, toksisite ve ilaç etkileşimlerini belirlemek için yapılan DNA analizleridir. Kişiye özel tedavi uygulamasına olanak sağlar.
Amerika Birleşik Devletleri’nde sağlık otoritesi FDA ve Avrupa’da EMA en sık kullanılan yüzlerce ilacın prospektüsünde Farmakogenetik bilgi ve özel uyarılar bulunmasını zorunlu kılmaktadır. Bu ilaçlarla tedaviye başlanırken kişinin genotipine özel doz ayarlaması, klinik yanıt varyasyonları ve yan etki risklerinin belirlenebilmesi için Farmakogenetik test yapılması istenmektedir.
FARMAKOGENETİK DNA PANELİ:
• Uygun etken madde seçimi,
• Optimal dozun belirlenmesi,
• İlaç etkileşimlerinin belirlenebilmesi,
• Yan etki olasılıklarının azaltılması
• Tedaviye uyumun artırılması
sağlanarak kişiye özel tedavi planlaması ve uygulaması mümkün olur.
Test prosedürü kolay ve hızlıdır.
- Ağız içinden epitel örneği alınır. İğne ve kan örneği yoktur.
- Alınan örnek özel kitine yerleştirilir.
- Güvenlik barkodları ile korumaya alınır ve uygun şartlarda laboratuvara iletilir.
- Genetik konsültasyon içeren sonuç kısa bir sürede gönderilir.
Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.
ColoAlert
KOLOREKTAL KANSERİ ÖNLEMEDE YENİ NESİL TARAMA
Kolorektal Kanser Hakkında Önemli Bilgiler
Dünya Sağlık Örgütü uzmanlarının tahminlerine göre dünya çapında yılda 940,000 yeni kolorektal kanser vakası meydana geliyor ve sonrasında da 500,000 ölüme neden oluyor. Dolayısıyla bu kanser türü, cinsiyete özgü olmayan kanserler arasında önde gelen kanserlerdendir.
İyi haber ise, kolorektal kanserin gelişmesi için 10 ila 15 yıla ihtiyaç vardır ve evre 1 veya 2 gibi erken dönemlerde saptandığında vakaların %90’ında tamamen tedavi edilebilir. Buna karşılık, eğer kanser zaten yayılmışsa (evre 4) iyileşme şansı %10’un altına düşmektedir. Bu nedenle kolorektal kanser taraması ve erken tespiti kritik öneme sahiptir.
Anahtar Kelimeler: Duyarlılık Ve Özgüllük
Çok basit olarak duyarlılık, teşhis oranı (gerçek pozitiflik oranı) olarak açıklanabilir. Duyarlılığı %90 olan bir test 100 hastadan 90’ını doğru olarak belirler. Özgüllük ise, doğru olarak tespit edilen negatif sonuçların oranıdır (gerçek negatiflik oranı). Dolayısıyla özgüllüğü %90 olan bir test, 100 sağlıklı bireyden sadece 10’unda yanlış olarak hastalık saptar.
Önde Gelen Onkologların Tavsiyeleri:
Giderek artan sayıda onkoloji uzmanı tarafından, kolorektal kanser taramasının 40 yaşından itibaren yaptırılması tavsiye edilmektedir. Eğer ailede bilinen kanser vakaları varsa, taramalara daha bile erken başlanılmalıdır. Kolorektal kanser taramaları alanında, kolonskopi altın standart olarak düşünülür. Ancak kolonoskopinin neden olduğu psikolojik ve fiziksel stres nedeniyle, daha basit ve girişimsel olmayan (non-invaziv) yöntemler geliştirilmektedir. Toplumun büyük kesiminin kolorektal kanser taramasından kaçınmasını önlemek amacıyla genellikle yıllık olarak ‘dışkıda gizli kan testi’ yapılması önerilmektedir. Bunun için sadece basit bir dışkı örneği yeterlidir ve invaziv girişim gerektirmemektedir. Fakat ne yazık ki gizli kan testinin tek başına düşük hassasiyette olması nedeniyle, çok sayıda kolorektal kanser vakası uzun süre saptanamamaktadır.
Genetik Tanı: Başarının Anahtarı
ColoAlert testinde, laboratuvar uzmanları yüksek kesinliğe sahip bir moleküler-genetik analiz yöntemi kullanmaktadırlar. Bu yöntem ile sağlıklı hücrelere kıyasla değişmiş bir DNA yapısına sahip olan tümör dokusunu saptamak amaçlanmaktadır ve duyarlılığı %85’in üzerindedir.
“ColoAlert, tümör DNA’sını saptaması sayesinde kolonoskopi ve non-invaziv testler arasındaki analitik boşluğu etkin bir biçimde azaltmaktadır.”
Prof. Dr. M. Dollinger
ColoAlert Çalışmaları
Başhekimi Landshut
ColoAlert Size Çok Sayıda Fayda Sunmaktadır
ColoAlert İle İlgili Güncel Çalışmalar:
Martin-Luther-Üniversitesi Halle-Wittenberg ve Leipzig Üniversite Hastanesi tarafından yürütülen çok merkezli bir çalışmada 626 hasta; gizli kan testi, M2 pirüvat kinaz (M2-PK) ve tümör DNA’sı analizleri ile paralel olarak Almanya’da incelenmiştir. Bu üç non-invaziv test, altın standart olan kolonoskopi ile analitik kaliteleri açısından karşılaştırılmıştır. Gizli kan testi, yüksek özgüllüğü (sağlıklı bireyin sağlıklı olarak belirlenme ihtimali) nedeniyle ikna edici iken, hassasiyeti (saptama oranı) en düşük olan test olduğu görüldü. M2-PK ise tam tersi bir sonuç gösterdi. Gizli kan testi ile birlikte kullanılması halinde hassasiyeti en az %6 arttırabilirken, yine de özgün olmadığı belirlendi. ColoAlert, non-invaziv yöntemler arasında en doğru tahmin değerine ulaşmıştır: kolorektal kanserin tespitinde %85 gibi yüksek bir duyarlılığın yanında %90 özgüllüğe de ulaşılmıştır. Bu değerler, önde gelen onkoloji klavuzları tarafından talep edilmektedir. Birçok başka klinik çalışmada da kolorektal kanserden korunmada tümör DNA’sının saptanmasının çok büyük faydası olduğu gösterilmiştir. Bu da ColoAlert’in kesinliğini doğrulamaktadır.
√ Non-invazif (girişimsel olmayan) bir yöntemdir.
√ %85 oranında yüksek duyarlılığı ve beraberinde tavsiye edilen en az %90 özgüllüğü sağlamaktadır.
√ Doğrudan tümör DNA’sını saptayan bir test yöntemidir.
√ Kolorektal kanserin erken evrede saptanabilme oranını yaklaşık dört kat arttırarak, iyileşme şansını önemli derecede arttırır.
√ Rahat ve kolaydır.
Diğer Bilimsel Bültenler için Tıklayınız.
